测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化） -
宝藏R包：TCGA的转录组数据挖掘一站搞定
最近在看ceRNA的时候看到了一个宝藏R包，写包简化了芯片数据下游分析之后，我正想着写转录组下游分析的简化版，就看到了它。用起来~ 0.R包和数据准备 这里使用的是作者给的示...
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有些小错误
TCGA数据下载-R包TCGAbiolinks下载数据
TCGAbiolinks 是一个用于TCGA数据综合分析的R/BioConductor软件包，能够通过GDC Application Programming Interfac...
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TCGA文章复现——LncRNA-CRC预后Title:An Integrated Three-Long Non-coding RNA Signature Predicts Prognosis in Colorecta...
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ensembl_id转换之两种方法比较
一个基因在不同的数据库有不同的名字：1.Entrez gene ID：我们一般说的Gnen ID即Entrez gene ID，是用一串数字表示的（在NCBI里面用）2.Ge...
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强强联合的基因ID转换刘小泽写于2020.5.28Ensemble转Symbol其实不是这么简单，问题百出，需要留意 0 今天遇到一个需求，先来看看 有这样的四个文件，每个文件中都有两列Ensem...
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从biomaRt到clusterProfiler
1.安装 R 版本为3.5以上的需要以下命令 如果提示缺哪个包，则用以下命令安装： 2.生物学ID转换 ——做KEGG和GO分析之前需要对非NCBI ID的转换为NCBI I...
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筛个差异基因为什么就7分了？
今天跟大家分享的是2019年3月发表在J.Crohns.Colitis （IF：7.827）杂志上的一篇文章High-Throughput Identification of...
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TCGA数据下载-R包TCGAbiolinks下载数据
TCGAbiolinks 是一个用于TCGA数据综合分析的R/BioConductor软件包，能够通过GDC Application Programming Interfac...
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数据分析|R-缺失值处理
本版块打算分享一些数据分析过程中用到的数据清洗，统计分析，建立简单模型等。 拿到数据后，在清楚了分析需求后，别急着各种统计、模型一块上，先给数据做个“清洁”再说。数据中往往会...
