这篇笔记是几个视频内容的综合，每个视频里我只选取了几张PPT。主讲人举例了一篇已经发表的文章来进行具体的流程分析。这篇文章里的外显子数据分析基本是一个比较标准的流程。样品是来...
发简信
IP属地：广东
-
Broad Institue视频笔记：Variant Calling with HaplotypeCaller -
-
10X单细胞轨迹分析之回顾清明节了，放假期间好好放松一下自己，但是我仍然记得大学老师说过的一句话，放假休息的同时，总结过去，展望以后，所以说假期是一个承前启后的时间段，今天我们不讲新的东西，而是回顾一...
-
【r<-包】管理你的R包——pacman包介绍
Tyler W. Rinker & Dason Kurkiewicz翻译：诗翔 pacman包是一个整合了基础包library相关函数的包，用于更方便地对R包进行管理。该包可...
-
WGS分析笔记（3）—— bam文件的处理上一篇记录了mapping这一步的软件选择，也讲到了对于sam文件如何考虑MAPQ的过滤，这篇我主要想记录一下bam文件在进行call variation之前的处理。 ...
-
WGS分析笔记（4）—— Call SNVs/indels最近一直忙期末汇报和脚本编写，没来的及接着往下写文章，年前把这一块写了，然后再往下的分析流程就比较特异性了，做一步写一步那种，相对于这种已经常规化的流程（除了一些细节上的...
-
bcftools 替代samtools 产生vcf
使用samtools 1.10 发现不能生成vcf了 samtools mpileup bcftools call 中有 -c -m 参数 理解是 -c 用来call...
-
