解释任何单细胞测序数据的起点都是对给定数据集中的细胞簇进行注释。由于缺乏专门设计的工具以及在单细胞ATAC-seq数据中使用不直观的顺式和跨式调控元素（unintuitive...
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sc-ATAC-seq细胞类型注释策略 -
文献中的热图代码实现（热图标记感兴趣的基因,基础知识）hello，大家好，今天我们来实现一下下面的这张热图 我们最关注的就是图的右边只标记感兴趣的基因，如何实现呢？？？ 准备作图文件 接下来，让我们来实现一下上面的热图。 为了绘...
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生信 | scATAC-Seq数据获取（超快sra转fq）部分代码参考自10x genomics官网[what-is-cell-ranger-atac]，但绝大多数代码融入了我自己的思考 1、上游分析（软件安装 + 数据获取 + c...
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2020-03-09Deciphering Cell Fate Decision by Integrated Single-Cell Sequencing Analysis
INTRODUCTION 细胞分化是一个多层次的过程，immature cell---specialized progenitors---mature cell type...
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有了TPM，怎么做基因表达分析、相关性分析和主成分分析TPM是RNAseq测序结果里很好的归一化表达矩阵，以前都是FPKM，但目前TPM才是主流，很多测序公司也开始用TPM作为基因定量单位进行分析了，基因表达分布、相关性系数和主...
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
