我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...
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我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...
本文应该是第二全的WGCNA分析教程,参考了最新的文档。第一全的还在路上,会出现于生信宝典和宏基因组公众号组织的二代三代转录组测序分析实战班上,欢迎点击链接了解更多。 WGC...
首先调取Xena网页的TCGA数据做Cox生存分析,数据可以通过hiplot官网自主研发的ucsc-xena-shiny直接在线获取访问https://hiplot.com....
原创来自https://mp.weixin.qq.com/s/xw-x_r9yq6Iiw-4LwyKvWw,本人稍作修改,原文是针对小鼠,现改为人类当得到差异基因后,很多时候...
Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势,从而判断其对表型的贡献。...
R包networkD3 示例[https://mp.weixin.qq.com/s/r7535rbVT5zaoy9eUErs0Q] nodeID必须从0开始 R包ggplot...
在使用cellphoneDB和italk进行细胞通讯分析时,发现小鼠的结果很少或奇奇怪怪。查了下网上大家的一些解决办法,发现将小鼠的基因转成人的同源基因即可做。 这篇文章主要...
String网址:https://string-db.org/[https://string-db.org/]STRING数据库是一个研究蛋白质之间相互作用的数据库,这种作用...
老师寒假的时候让我试试看写文章,然后我就发现,其实文章里面图片的排版还是比较麻烦的。之前问了一下学长,他也是使用PPT和PS进行的排版。于是我就写了一个辅助排版的程序,其功能...
有的时候我们会需要绘制一些通路图用来描述不同基因、蛋白、通路之间的关系。一般来说KEGG数据库是一个很好的选择,但是KEGG数据库中的通路图是静态的图片,而有的时候我们会需要...
跟着学长学习了一些靶点预测的方法,主要使用到的工具有以下两种 瑞士靶点预测:http://www.swisstargetprediction.ch/index.php[htt...
在线富集分析DAVID DAVID:https://david.ncifcrf.gov/[https://david.ncifcrf.gov/] 上传基因 点击Start A...
注释数据库KEGG和GO KEGG KEGG数据库网址[https://www.genome.jp/kegg/] KEGG FTP服务器[ftp://ftp.genome.j...
今天看的视频教程前面讲了一大堆理论,把我都吓到了,弄到最后只是用gplots包画了个聚类热图而已。不过学点理论倒也不是坏事,至少有助于理解。 什么是聚类 将不同元素按照彼此相...
因为之前总是看到基因芯片,但一直不知道这是个什么东西。就花了半个下午时间仔细研究了一下,做了一点笔记。特别不严谨的解释:基因芯片就是把许多不同的探针按照一定的顺序固定在固相载...