计算两图层相交面积 1.转换要素为面，.shp，只有面图层能相交 2.相交求面积 3.得到面图层，右键属性，查看各块面积和所在保护区
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[Excel]如何用Excel计算相关系数r（三种方法）以下通过求身高和体重的相关系数r作为示例进行讲解。 方法一 Correl函数 在B17单元格中输入=correl() 触发correl函数，选中身高列数值部分，加一个英文状态...
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@追梦生信人 没有欸，你自己搜搜吧
PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Ref_genome.fa: 组装...
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用R语言进行相关性分析：画出散点图、拟合线及标注相关系数和P值一. 读取数据 因为我们一般自己录的数据都是excel表格的，对于读取excel，此处有一个小技巧 读取excel方法 1.把excel文件另存为CSV文件 2.按照读取cs...
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R包vegan的Mantel testsR包vegan的Mantel tests Mantel tests是确定两组距离测度矩阵（而非两组变量矩阵）之间相关性的相关性测试方法，用于判断一个矩阵中的样本距离与另一矩阵...
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SNP数据的AMOVA分析 和 Mantel分析一 AMOVA分析 1 将 VCF 转换为 arp 格式，定义population PGDspider软件 2 导入Alrequin 并定义group 3 starting ...
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系统发育比较分析—R系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...
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@木鱼RY试试基于SFS的stairway plot方法
https://www.jianshu.com/p/08efb118cd00PSMC分析有效群体大小（Ne）
1 软件准备 bwa samtools bcftoolspicard psmc 2 数据准备 二倍体物种（该分析是结合杂合度来分析的）！！ Ref_genome.fa: 组装...
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Fastsimcoal2 模拟群体案例假设我们想模拟经历了以下群体演化历史的群体样本： 我们在3popDNASFS.par文件中来描述这个群体演化历史的过程，这个演化过程是时间回溯的，从下往上依次来描述这个过程：...
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学习笔记<br>研究方向: 植物群体遗传学<br>
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fastsimcoal2 推断群体演化历史案例案例一 IM20Mb.tpl IM20Mb.est run line .tpl中字母代表的是要估计的参数，有些给定的值如果在.est文件中定义，也会重新估计。.est文件中文...
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fastsimcoal2推断群体演化历史(Demographic history)1. 群体演化历史分析的案例： 群体演化包括有效群体大小(Ne)变化、基因流，迁徙，分化等，会对等位基因频率产生显著影响，塑造了现有遗传多样性的模式和水平。群体演化、遗传漂变...
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画图笔记：ggplot2优化柱形图（添加误差线、差异比较分析）
马上放假了，今天我们来点基础的东西，画图的操作。 不想要这么丑的图。图片 要优雅的输出结果 图片 「ggplot2中柱状图基本绘制函数常用geom_bar()」 参数介绍： ...
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Stairway-plot群体动态图
一 首先用BayesScan删除受选择的位点1.输入文件：PGDSpider将VCF 转为GESTE/BayScan格式，即下面的bates.xml2.运行命令 3.输出文...
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位点频谱(SFS)计算1. 什么是位点频谱(site frequency spectrum)? 位点频谱也叫等位基因频谱(allele frequency spectrum)是群体遗传学的术语，用...
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种群动态历史评估方法之 SFS（Site/Allele Frequency Spectrum）SFS的基本理解、介绍的一篇文章：https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
