2020年9月1日，博三入学的时间，耗时四个月用来作为毕业课题的实验做失败了，一切都好像来不及但又必须接受，痛定思痛下开始思考一些问题：如何才能及时止损避免在错误的道路上越走越远？如何才能对一项长期的任务怀有持续的热情和饱有能量的工作状态？

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生信分析流程

农学跨生信，之前总觉得，没人教，怕走弯路，迟迟不肯踏踏实实从基础一点一点积累慢慢学起。一会看看生物，一会写写代码，抓不住重点也没有提高。 后来关注了生信技能树，还蹭了建设人Jimmy大佬组织的线下聚会，听到几位大佬介绍后，发现他们都是自学，自己摸索的，并且给我强调了记笔记的重要性。 这是一个对知识管理的过程，记录下学习的一点一滴，写下来的笔记是给自己的（有时候会觉得写的不好，也不敢分享出来，没有正向激励，渐渐就不写了），当然如果也可以像大佬们那样对他人的学习起到帮助，我也会觉得非常荣幸和开心呐。 加油啦～～

欢迎大家分享自己在完成生信技能树linux作业时的笔记心得 。 生信人的 linux 20题 <http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 处理 fastq,fasta,sam,bam,vcf,gff,gtf,bed,MAF等**格式（约定成俗，大牛推广）**的数据 fasta和fastq格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3575.html sam和bam格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3578.html VCF格式文件的shell小练习 http://www.bio-info-trainee.com/3577.html

一些生物信息学用到的软件，工具，介绍用法安装以及以及应用的文章 🛠 测序组装使用的Spades、canu等等 🛠 序列比对比如blast、bowtie、diamond等 🛠 多序列比对比如mega、clustalW、matff等 🛠 序列格式转化的samtools、bedtools等等 🛠 可变剪接分析的rMATS、MISO 🛠 微卫星序列查找工具misa等 🛠 call peak的工具macs2 🛠 文献下载工具Sci-hub桌面版 🛠 进化树构建工具IQtree、ggtree等 🛠 同源基因查找工具OrthoMCL、OrthoFinder等 🛠 寻找测序中的结构变异或者SNP序列GATK、bcftools等 🛠 宏基因组组装与分析的anvi'o、QIMME 🛠 测序质量评估的FastQC、BUSCO、QUAST 🛠 可视化工具比如IGV、3D Genome 🛠 测序数据下载工具SRA Toolkit、ascp等 🛠 数据可视化的工具circos 等等

R语言做生信，包括数据可视化、数据分析，数据转换等。

欢迎大家分享自己在完成生信技能树R语言作业时的笔记心得 初级10 个题目：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html 中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html 高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html

微信公众号oddxix 生物信息 高通量测序

记录学习生信的点滴

收集一些生物信息学的分析流程的文章。感谢这些简友整理的生信分析流程！ 如果简友投稿没有被我收入专题，可能是我没看到或者收入到其他针对性更强的专题中了。望见谅！ 🕛🕐🕑🕒🕓🕔🕕🕖🕗🕘🕙🕚 文章的收录是有顺序的，查看的时候请点击“最新收录”然后进行查看。 👣 全基因组测序(WGS)分析 👣 转录组分析RNA-seq的分析流程 👣 染色质免疫共沉淀技术ATAC-Seq、ChIP-Seq分析 👣 单细胞scRNA-seq分析 👣 癌症的预后标志物查找 👣 系统发育演化进化树构建与分析 👣 群体遗传学分析 👣 全基因组关联分析(GWAS) 👣 基因家族的分析 👣 甲基化测序与分析 👣 KEGG/GO功能富集分析 👣 图形绘制具体细节的比如热图、曼哈顿图的绘制等 👣 python、perl、R的包的使用过程 👣 具体工具的使用，比如GATK的使用过程 👣 数据库的挖掘方法，比如TCGA数据库的使用 👣 另外就是整个文章走下来的流程 👣 👣 👣

生信学习笔记、脚本编程、实验设计、数据分析 ～～～ 生物信息领域的大杂烩～ 好大一锅乱炖，快到我的额碗里来～ 好好学习，天天学生信～

生信技能树：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公众号：优雅R 生物数据分析QA，技术文档与博客，需要你的参与。 ……………………………… 欢迎在简书创作和做笔记的生信学习者、爱好者以及相关编程人员加入本专题，贡献你的文字，无论是原创还是笔记，我们需要你，将本专题打造为生信知识宝库、交流平台。 内容可以是对生物信息学与算法知识相关资源的收集、整理，以及原创笔记： * R * Python * Perl * Linux 工具与编程 * 绘图 * 统计 * 计算生物学 * 各类算法 * 机器学习