发简信
IP属地：山东
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For a tutorial using Visium data that includes the graph analysis functions, have a look at Analyze Visium H&E data. The dataset used here consists of a Visium slide of a coronal section of the mouse brain. The original dataset is publicly available at the 10x genomics dataset portal . Here, we provide a pre-processed dataset, with pre-annotated clusters, in anndata.AnnData format and the tissue image in squidpy.im.ImageContainer format.
img = sq.im.ImageContainer('visium_fluo_crop.tiff')10X单细胞空间联合分析回顾之squidpy
新的一年，新的开始，既然选择了前方，只顾风雨兼程。 这一次，我们来继续回顾一下空间转录组的分析软件-------squidpy，当然了，我们主要关注10X空间转录组的分析内容...
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Seurat - 合并两组数据---Combining Two 10X Runs
Compiled: 2021-02-08 In this vignette, we will combine two 10X PBMC datasets: one conta...
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Seurat：计算cluster的细胞比例和绘制堆叠条形图
计算各个cluster的细胞数； table(Idents(pbmc)) 定义对应每个cluster对应的细胞类型，也可将ident改为相应的细胞类型，计算每个细胞类型的细胞...
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Seurat3||整合方法merge()与IntegrateData()随着单细胞测序技术的成熟，越来越多的研究者选择应用该技术来阐释手上的生物学问题。同时单细胞也不再是单样本单物种单器官的技术，往往会用到多样本整合分析的技术，这方面Seurat...
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冻存样品对单细胞测序影响大吗？在我们做单细胞分离过程中，导师千叮咛万嘱咐说样品不能冻存，而我在一次会议论坛上有一位学者直接说冻存基本没有影响 2019年12月31日（真是抓住了2019的小尾巴！），英国W...
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跑通GWAS，用这些脚本就够了最近跑通了一遍GWAS分析，全程在linux操作，虽然具体还有好多需要微调的地方，先把代码整理分享出来mark一下 前期准备 1.理论知识 强烈推荐百迈客云课堂课程GWAS生...
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ChIP-seq数据分析（一）：从raw reads到peaks开篇致谢：下面内容的整个框架是跟着生信技能树发布在bilibili上的ChIP-seq视频学习的，链接：https://www.bilibili.com/video/av29...
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课程会在2019年9月底之前录制完毕并上线： 课程说明在：https://mp.weixin.qq.com/s/AV2uTbsvJGBRq_zv7yDmNg 所有代码在：https://github.com/jmzeng1314/scRNA_smart_seq2 观看链接 手机微信观看（推荐）：http://jm.grazy.cn/wechat/course/detail?cid=53 电脑浏览器的链接 http://jm.grazy.cn/index/mulitcourse/detail.html?cid=53
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个人博客: xuzhougeng.top (随缘访问)
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单因素Cox回归循环function
麦子版本 有时候因为基因表达量太低，导致分组时出现错误，解决如下。 cox_res<- as.data.frame(do.call('rbind', setNames(t(c...
