小周的万用胶囊

@565c25972d57 理论上是的，分步只是为了跑自己想跑的命令

生信log6细菌全基因组建树|基于GTDB-KT抽单拷贝蛋白序列-iqtree2 && fasttree建树

前言 最近在跑一个很大的数据集，大概有3500条以上的基因序列，因为数量太大，跑树有点搞不定，特此来记录一下这个过程 超过3000个基因组iqtree直接跑断直接跑了iqtr...

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最近重新深入生信分析的学习，重新看一下转录组还有其他分析方法看新工具和新思路。这篇日志记录Trim Galore的Singularity镜像用法（目前没有singularit...

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经常有人问怎么找项目练手，只能说把眼睛打开，学会搜索处处都是修炼场。 在校学生可联系有生信分析需求的老师和实验室人员了； 自己复现领域经典文献里面的内容（数据处理和图表，选择...

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生信log|基因组数据注释到底是怎么回事? 在一开始做生信分析的时候，我对下游的分析其实不太了解，当时频繁接触到的概念叫“注释”，注释后就可获得关键基因相关的一些数据。后来深...

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在求学阶段，经常听到老师或者没有做生信的同学说生信就是跑流程的，一些大佬也有发文自嘲和解释过生信不是跑流程。我自己在刚上手生信分析时，对这个说法强烈反对，参加工作或者说上手多...

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基因组数据的数据量一般来说都不小，一个细菌基因组测序clean data的压缩文件都能去到1个G，更别说其他非原核的物种了。实验室的数据是不能随便删除的，更别说公司甚至是公共...

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因为业务需求，做了一个按页数拆分pdf的小工具，本质还是服务于数据分析的模块 0. 思路 按指定页数进行拆分 处理的包：PyPDF2, click 环境：python >= ...

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目前网络上有非常完备的训练框架，如抱脸虫的transformers、达摩的modelscope,swift框架，使得模型的调用和训练过程都非常的直观。上述的框架都没有离开主流...

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此前在疫情期间学习了AI的经典算法理论，但一直没有机会实战敲敲代码，总感觉有遗憾，现在抓紧时间实战一下！下面的笔记其实就是的pytorch官方学习代码加上个人的理解，代码已经...

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最近终于有时间看大模型相关的教程，由于huggingface国内访问受阻，因此探索了一下阿里的modelscope，并记录常用的组件和模块供以后学习工作复查。 0、准备篇 看...

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最近的任务需要做一个工具，这个工具会定期查询文件或者数据库，原本打算从日志中提取，但日志中太多其他标准输出的内容了，提取信息可能很困难，也很容易导致错误，因此考虑了sqlit...