参考网站R获取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集使用R进行Gene Ontology(GO)富集分析过程中如何导出某一特定GO词条下所有的...
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下载GO/KEGG某一pathway的genelist -
single cell marker 基因数据库在单细胞转录组测序中一个重要的方面就是定义聚类得来的cluster，一个思考的方向就是根据marker基因来定义cluster的细胞类型（cell type）。怎样才能建立c...
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R语言获取 GO/KEGG 中某一通路的基因集
有时候我们想看某一特定通路的富集情况，这时就需要获取该通路的基因集。 一、从 GO 中获取 下载脚本 getGoTerm.R[https://github.com/Jiaha...
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统计-R(相关系数)与R^2(决定系数)傻傻分不清读文献时，有时求相关系数，有时求拟合优度，到底都是什么呢？ 先给结论，R与R^2没有关系，就如同标准差与标准误差没有关系一样。 1. 相关系数（R） 定义：变量之间线性相关的...
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转录组时间序列数据处理针对转录组数据，平时分析中最常见两组之间的比较，比如不同处理或者不同突变体。面对这样的数据用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果样本量或者不同条件很多的话可...
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流式细胞仪分析技术及应用在2019年的三月份我正式开始做单细胞相关研究工作，有趣的同时也是朋友我们经常误会的是：你是不是用流式细胞术？而我在得知自己要做这单细胞（single cell ）的研究时，...
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Seurat Weekly NO.3|| 直接用Seurat画fig2Seurat Weekly NO.0 || 开刊词[https://www.jianshu.com/p/6f88d3df702b] Seurat Weekly NO.1 ||...
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DoHeatmap画热图时应该注意的点日常瞎掰 通过标题大家已经知道今天我们分享的主要内容了。DoHeatmap这个函数来自于Seurat包，处理过单细胞的人应该都知道这个函数就是用来画每个cluster的m...
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R语言可视化（四十）：网络图绘制40. 网络图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用igraph包绘制网络图 使用ggraph包绘制网络图 使用networkD3包绘制动态网络图
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单细胞之轨迹分析-2：monocle2 原理解读+实操轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 拟时间序列分析（Pseudot...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
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君子之心事，天青日白；不可使人不知；君子之才华，玉韫珠藏，不可使人易知。
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表观遗传学-组蛋白修饰一、染色体简介 DNA Packing 1、如何将10,000公里长的蚕丝(半径~10e-5米)装入一个篮球中。2、蚕丝的体积：3.14*10e-3 m33、折叠、缠绕......
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表观遗传如何“表观”？众所周知，细胞通过各种来源的新陈代谢对染色质进行调控是表观修饰的一种重要方式，这展示了环境与细胞稳态维持之间的关系。细胞通过动态地修改DNA和组蛋白上特定核苷酸或氨基酸残基，...
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Seurat Weekly NO.17 || 一个R包的CNS之路seurat发展历史，cns之路 在单细胞数据分析中，特别是对初学者来说，Seurat是一个教科书级别的工具。至于这个用来分析单细胞多组学的工具为什么叫这个名字，我想，与它问...
