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群体结构图形——structure堆叠图本文来源于基迪奥[https://www.genedenovo.com/news/364.html]推文。 1、structure图的由来 “Structure图”名词本身来...
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点阵图 | 比较基因组分析之基石 - 手把手入门教程写在前面 前述，我们通过《安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置》一文，带大伙安装和配置了我们 WGDI 软件。接下来，我们直切主题，从实例数据开始，手把...
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点阵图 | 比较基因组分析之基石 - 手把手入门教程
写在前面 前述，我们通过《安装 | 比较基因组系列之一 - WGDI 软件安装与配置》一文，带大伙安装和配置了我们 WGDI 软件。接下来，我们直切主题，从实例数据开始，手把...
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WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！写在前面 Emmm，前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息，大体意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更...
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运行block_info.py又报错了
[yanxu2016@localhost group1]$ wgdi -bi group1_block.conf
blast = group1.blast
gff1 = group1.gff
gff2 = group1.gff
lens1 = group1_genome.len
lens2 = group1_genome.len
collinearity = group1.collinearity
score = 100
evalue = 1e-5
repeat_number = 20
position = order
ks = group1_ks_result
ks_col = ks_NG86
savefile = group1_blockinfo.csv
Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib64/python3.6/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 2895, in get_loc
return self._engine.get_loc(casted_key)
File "pandas/_libs/index.pyx", line 70, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc
File "pandas/_libs/index.pyx", line 101, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc
File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 1675, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item
File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 1683, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item
KeyError: 'stand'WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！
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换了几个不同的环境都是这样，应该不是我这边的问题，大概率变量设置有问题了
WGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！
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#读取 tab 分隔的 基因对文本文件应该是新加的功能吧，运行wgdi -ks ,read_coliearity模块会报错
File "/envs/py3.7/lib/python3.7/site-packages/wgdi/base.py", line 86, in read_coliearity
data.append([arr[0],b,arr[2]])
UnboundLocalError: local variable 'arr' referenced before assignment,
我注释掉base.py中read_coliearity模块和ks.py中read_coliearity相关语句，才能顺利的用MCScanX输出文件计算KSWGDI | 比较基因组分析神器，要啥有啥！
写在前面 Emmm，前面推送了几期好基友-比较基因组小王子的 WGDI 软件使用和比较基因组图表解读。后台常常受到消息，大体意思“快更新！”。原本，我和小王子商量的是一周一更...
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HaploMerger2: 从高杂合二倍体基因组组装中重建单倍型本文只是按照自己的需求翻译了HaploMerger2提供的手册部分内容。HaploMerger2的帮助文档写的非常好，一定要花点时间去读啊！ HaploMerger2的分析流...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（下篇）接着上一篇留下的问题，如何按照以1M为窗口，每次移动10Kb计算均值。我们以KY131是"0/0", 而 "DN422" 是 "1/1"的位点结果为例，我们来增加这条线 原...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（上篇）
BSA虽然不是我最早接触的高通量数据分析项目（最早的是RNA-seq），但是却是我最早独立开展的数据分析项目， 我曾经专门写过一篇文章介绍如何使用SHOREMap做拟南芥的E...
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以水稻为例教你如何使用BSA方法进行遗传定位（中篇）下游分析 下游分析可能是比较成熟化的流程分析，对服务器的要求比较高一些，下游分析则是对背景知识要求高一些，例如VCF的格式，遗传学的三大定律等。 让我们先安装并加载所需的R包...
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使用MISO进行可变剪切的分析
欢迎关注”生信修炼手册”! MISO是一款经典的可变剪切分析工具，和rmats类似，该软件也支持对可变剪切事件进行定量和差异分析，网址如下 https://miso.read...
