IP属地：台湾
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理解差异表达与GO分析
记录跟差异基因分析相关的几个概念，主要摘自《R与Bioconductor》一书。 基因表达差异的显著性分析 简称表达差异分析，其目的是比较两个条件（包括种属、表型等）下的基因...
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Shell 学习、积累、成长
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【基因组学】使用StringTie+gffread鉴定基因的新转录本写在前面 转录组通常被用来寻找差异基因，但是有的时候我们想看一下已报道的基因是否存在可变剪切现象，即新转录本的挖掘，这个时候就需要利用StringTie+gffrea...
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DEseq2 均一化多个处理的样本
我要做一个分析，需要用均一化的数据，学生说之前是需要两两去做DEseq2，然后再做下游分析，我觉得太麻烦。于是摸索了下，DEseq2可以均一化多个样本。代码如下：我这里是8个...
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提取fasta文件特定ID序列,及其计算序列长度
参考： https://www.biostars.org/p/127141/快速计算fasta序列长度的方法 Tips： 有时候需要通过具体的ID，获取序列信息，及其计算序列...
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Bioinformatic workflow
给大家推荐个网站：https://bioinformaticsworkbook.org/projectManagement/Intro_projectManagement#g...
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RNA-seq摸索：4. edgeR/limma/DESeq2差异基因分析→ggplot2作火山图→biomaRt转换ID并注释请一定看这里：写下来只是为了记录一些自己的实践，当然如果能对你有所帮助那就更好了，欢迎大家和我交流 差异分析流程: 1 初始数据 2 标准化(normalization)：D...
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Xshell6和Xftp6 破解免安装版，无窗口多开限制上班第一天发现xshell6评估已过期，网上搜索破解版基本都是免费版的破解，有窗口多开限制，而且安装包相对较大，费了1个小时才找到一个免安装绿色破解版的xshell6和xft...
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RNA-seq snakemake 自动化流程教程很多，随便列两个，强烈推荐学起来，没有python基础也可以搞定 参考1参考2Snakemake搭建生信分析流程-简介snakemake使用笔记[转]snakemake-...
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eQTL就那样～（2）前言 我还未想到这个专题叫什么...... 暂定“XXX就那样”？ 6.GTEx数据库是什么？ “人类GWAS-转录组-疾病表型补完计划”，噢不，基因型-组织表达计划（G...
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一个完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比较(包括得到FPKM、TPM、readscounts)最重要的参考链接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github链接：https://github.com/griffit...
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基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
