周运来，男，长大了才会遇到的帅哥，稳健，潇洒，大方，靠谱。一段生信缘，一棵技能树。生信技能树核心成员，单细胞天地供稿人，简书创作者，单细胞数据科学家。
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R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子部分示例数据如下 第一列是数值 第二列是处理一-第三列是处理二 最终出图如下 这里自动做统计检验的函数是 stat_compare_means() 首先是做箱线图和小提琴图的...
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使用R语言中的corrplot来绘制相关系数矩阵热图R语言也是目前常用的数据分析编程语言之一，目前经过使用者、科学家们的开发，其功能也比较强大。本文就使用R语言中的corrplot来绘制相关系数矩阵热图进行介绍。 下面以波士顿...
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基因表达相关性也可以用弦图可视化（R语言）表达谱分析中，经常会使用到相关性分析，探索一组基因间的共表达特征。例如，这些基因间的表达是否存在较强的协同性，一个基因表达值的改变是否与另一个基因表达值改变显著相关，它们之间...
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富集分析后的结果如何画chord弦状图
Chord Diagram弦状图-用来画富集分析的结果 前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp.weixin.qq.com/s/NIqSTvJ916ZGk_...
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谢谢！用方法三得到了！太感谢了！
GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol
前面在讲GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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GO和KEGG富集结果如何显示基因symbol
前面在讲GO和KEGG富集倍数（Fold Enrichment）如何计算[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin....
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基因相关性+药物敏感性分析①高低风险组某基因表达量差异分析 ②药物敏感性分析 安装 pRRophetic 包，首先要安装它的依赖包 依赖包安装成功后，从本地安装pRRophetic压缩包 安装好之后我...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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一文读懂R语言corrplot相关热图分析及美化！！！（附图详解，建议收藏）
gzh原文点我，欢迎同时关注[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIwODAxMzc5Mw==&mid=2247489477&idx=1&s...
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GO,KEGG,GSEA区别（转）
GO富集分析、KEGG富集分析和GSEA的区别 - 知乎 (zhihu.com)[https://zhuanlan.zhihu.com/p/481189718]https:/...
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多因素Cox回归分析（转载）原贴：https://blog.csdn.net/weixin_46500027/article/details/124554798[https://blog.csdn.ne...
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找到原因啦。因为gene_list里的基因不在expSet里面
生存分析KM-plot多图拼图
做多个基因的KM-plot时，每个基因会生成一个KM-plot，会涉及到拼图，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函数。在这里以TCGA...
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请帮我看下，为啥运行下面会出现error? 谢谢啦
Error in exprSet[g, ] : subscript out of bounds
> for(i in 1:length(gene_list)){
+ x = meta
+ g = gene_list[i]
+ x$gene = ifelse(exprSet[g,]> median(exprSet[g,]),'high','low')
+ sfit1 = survfit(Surv(time, event) ~gene, data = x)
+ splots[[i]] = ggsurvplot(sfit1, pval = TRUE, palette = "jco",
+ data = x, legend = c(0.8, 0.8),
+ title =gene_list[i],risk.table = T)
+ }
Error in exprSet[g, ] : subscript out of bounds生存分析KM-plot多图拼图
做多个基因的KM-plot时，每个基因会生成一个KM-plot，会涉及到拼图，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函数。在这里以TCGA...
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问下，这一句genelist=c('TSPAN6','TNMD','DPM1','SCYL3')里面是不是gene_list? 下面出现的都是gene_list呢?
生存分析KM-plot多图拼图
做多个基因的KM-plot时，每个基因会生成一个KM-plot，会涉及到拼图，主要是利用survminer包里面的arrange_ggsurvplots函数。在这里以TCGA...
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R语言中的连接dplyr中的join系列与merge函数
在数据分析过程中，仅仅涉及一张表格的情况是非常少见的，我们经常需要联系到其它表格的数据，整合这些表格的信息。这时我们需要常见的三类操作来完成。 合并连接：根据观测合并表格 筛...
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Jimmy的四个GEO分析的万能R包-安装和使用
前期推进和使用了Jimmy的四个GEO分析的万能R包，详情可以参考Jimmy的GitHub和生信技能树公众号。生信技能树良心佳作-Jimmy的四个GEO分析的万能R包 - 简...
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生信技能树良心佳作-Jimmy的四个GEO分析的万能R包
生信技能树良心佳作-Jimmy的四个GEO分析的万能R包 紧跟生信技能树，努力向上爬！ GEO数据库中国区镜像横空出世 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 第二个万能芯片探针...
