公众号：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2读研，学习方向：癌症基因组、肿瘤免疫、单细胞组学
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超详细GO富集分析弦图绘制先上图 安装GOplot install.packages("GOplot") 激活GOplot library(GOplot) 因为我喜欢用excel进行一些文本操作，所以...
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单细胞测序--Seurat包--官网经典流程
Seurat - Guided Clustering Tutorial, July 16, 2020 https://satijalab.org/seurat/v3.2/pb...
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浅浅的学习历程<br>生信新手，打工人，搬运工。<br>像王子文一样财务自由，才可实现生育自由<br>像李子柒一样把一件事情做到极致，才可实现职业自由
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RNA-seq入门实战（十一）：WGCNA加权基因共表达网络分析——关联基因模块与表型本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断数据质量，绘制样品的系统聚类树②挑选最佳阈值power③ 构...
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利用R语言做主成分分析（PCA）自学笔记
成分分析（Principal Component Analysis，PCA）， 将多个变量通过线性变换以选出较少个数重要变量的一种多元统计分析方法。又称主分量分析。当在研究中...
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GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析
文章来源：生信技能树原文：GEO数据挖掘-第五期-肝细胞癌（HCC）-多组分开差异分析疾病背景 肝细胞癌（HCC），起源于肝细胞，是全球第七大常见癌症。 每年全球约诊断HCC...
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R中如何将ENSEMBL ID转换成Gene ID(ENTREZID)或者Symbol
方法一 在R中如何利用ENSEMBL ID获得Gene ID(ENTREZID), 又或者转换为Gene Symbol，以人为例： 预先安装AnnotationDbi 和 o...
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KEGG、GO富集分析与GSEA并不是二选一最广为人知的富集分析做法是把上调、下调基因分别或者合并，拿来做GO和KEGG富集分析。经常有一些数据集，拿差异基因做得不到结果，那是因为确实富集不到任何通路，是正常的。不妨试...
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Python中if __name__ == '__main__':的作用这个问题很多熟练python写人可能也不一定能解释清楚，反正在这之前我是解释不清楚，今天正好看到一篇文章我就顺便记录一下。下次小姐姐问道也可以显摆一番 哈哈~ 一个pyth...
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python中 "__name__" 详解在py文件中经常看到图中这句代码，初学者，特别是学习过其他语言，非系统的学习python基础语法的，看到它都会有些懵，它是做啥的？为什么要这样做？ 一、__name__的作用...
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Bedtools使用欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2018/04/bedtools/Jump to... 内容摘要 功能列表 安装bedtools 获得测试...
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StringTie参数备忘
StringTie 参考链接： https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https...
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SAMtools: SAM格式的处理利器SAM及其相关工具 SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，...
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Stringtie的使用
本文用作个人学习，全部摘抄于Stringtie说明书中文翻译版参考链接：Stringtie说明书参考链接：Stringtie说明书中文翻译版 StringTie的基本用法： ...
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高通量测序质控及可视化工具包RSeQC本期介绍一个测序质控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能够评估高通量测序尤其是RNA-seq数据.比如一些基本模块;检查序列质量,核酸组分偏性,PCR偏性,G...
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linux-对文件某个字符串替换，批量替换全部替换：sed -i 's/查找的字符串/替换的字符串/g' 文件 替换每行第一次出现的字符串：sed -i 's/查找的字符串/替换的字符串/' 文件 特定字符串的行后插...
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单细胞技术，分析方法
