clusterProfiler 是一个在 R 语言中用于功能注释分析和可视化的强大工具。它提供了多种方法来分析和解释高通量生物学数据集。gseKEGG 和 enrichKEG...
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gseKEGG和enrichKEGG的差别
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使用GeneSet 生成GeneSetCollection 基因集对象
代码来自曾老师的某乎推文 《对象何必到处乱找，自己创造即可》使用的时候老报错，就给他分解了一下，查找了原因，解决了一下。主要的代码就是 GeneSetCollection（）...
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常用的一些linux基础命令
各位看官老爷们大家好，俗话说，万丈高楼平地起，今天就带大家学习下生物信息学习过程经常用到的最基础但也是最实用的一些linux命令，当你的小伙伴们还在使用鼠标点点点的时候，你只...
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写的真好
【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析
REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因组分析、建模、系统生物学等。 ...
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【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因组分析、建模、系统生物学等。 ...
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处理报错：ggplot2折线图报错，不出折线，没有线，成点图了？! Do you need to adjust the group aesthetic?师姐让画一个关于动物体重随时间变化的折线图，不会用prism，所以就用R ggplot2 去画函数代码很简单ggplot(dat_se, aes(x=time, y=weig...
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GEO RAW.tar ‘原始数据?’ 读取，获得表达矩阵。最近在下载GEO数据的时候，下载到了一个这个，GSE41789_RAW， 下载后的数据是一个压缩包，解压缩后 是这个样子的。 第一次使用这种数据有些一筹莫展，不知道怎么去读取...
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你可真是个小可爱！！！！
使用wget下载GEO数据
我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。 经过我...
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使用wget下载GEO数据我们有时需要下载GEO数据，使用getGEO的话比较麻烦，特别是当我们只需要其中某一两个文件时。但是当我们直接复制文件链接，使用wget下载时，却只能下载当前的网页。 经过我...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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将文件导入R 新手村任务 导入R 一大门槛Error: unexpected input in "gse72815 <- read.table('Referdatacounts/GSE72815_series_mat...
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单细胞表达矩阵文件转换
先附上学习连接https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg这个问题之前也遇到过，在此搬个小板凳来学习学习 数据下载 由于...
