写毕业论文的时候老板提到要用一张图表示分类系统的变化，于是像到用桑基图来呈现这个变化的过程，具体操作步骤如下（越来越不喜欢写注释了，大家将就着看）：输入表格如图：
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桑基图——不同系统发育框架比较 -
DiscoVista安装
DiscoVista是一个可视化多物种树的软件，由python2编写；大家在安装的时候可以单独构建一个python2的环境。 下载安装包 安装r-base 配置python2...
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请问up，我在anaconda里面为什么搜不到coalhmm？
不完全谱系分选(Incomplete lineage sorting; ILS)及其分析方法
不完全谱系分选（Analysis of incomplete lineage sorting ; ILS)指的是由于基因组中不同片段的进化速率和保守性不同，通过不同片段构建的...
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基因流检测软件Dsuite安装教程
Dsuite软件的网站在Github上，GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patterson's D (ABBA-B...
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合并单拷贝直系同源基因
当我们提取完所有的单拷贝直系同源基因之后，需要把所有物种的同个基因复制到同一个fasta文件中，因此，写下了这个代码，其中gene_list.txt是所有的基因前缀，list...
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对BUSCO的结果进行总结
平时我们对每个基因组做了BUSCO，但是官方提供的画图代码很难用，所以决定自己提取出BUSCO的结果并进行画图，这一串代码就可以批量从BUSCO的结果中提取出我们想要的结果：
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0 进化基因组学——前言
统计和计算方法（第二版） 这本书的编辑Maria Anisimova，苏黎世应用科技大学生信研究中心的领导。看了这本书的前言，感觉能组织起一批人写这样一本书确实了不得，难怪N...
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Spades组装中断重启
由于本人使用的服务器是大组公用服务器，所以经常遇到断网或者是死机的情况，spades的组装时长非常久，经常遇到组装一整天然后突然断掉的情况，如果重新组装的话就会比较费时间。我...
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Mrbayes构建贝叶斯树复习
最近又重新构建多片段的贝叶斯树，对这些参数又有了新的理解，在此记录，以备查询。 多线程安装 以前倒是写过多线程的安装，不过都比较繁琐，参考贝叶斯法构建进化树：MrBayes ...
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phytools祖先状态重建
最近做了一个祖先状态重建的工作，还是蛮有意思的。PS：需要说一下的是，RASP的祖先状态重建主要是分布区重建，用RASP的模型去做性状重建会出现非常奇怪的结果，顾换成R语言来...
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mamba极速安装conda包
conda有的时候真是太慢了，无论怎么改镜像，有的时候真的是慢的想让我炸掉电脑（看着那个不断旋转的圈圈就是蛋疼无比）。所以就有人提出了解决方案，那就是mamba。 有的人可能...
