一. 群体结构评估 1.群体结构 群体结构评估内容构建系统发育树群体结构分析PCA(主成分分析) a.系统发育树 一般 GWAS 都是种间的,用 NJ 法就可以,maga 就...
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y一、认识文件名 五大格式文件:ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped(pedigree,家系):包含样本的谱系信息和基因型信息,必须与f...
关联分析就是将突变与表型联系起来,如果表型是分类的,最简单的方法就是卡方检验。plink - -assoc 原理就是这样,但不能添加协变量,plink - -logistic...
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集,功能涵盖了过滤,数据格式转换,一些指标的统计计算,vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
写在前面搬运自公众号bioLinkx t检验用于检验两个总体均值是否一致,分为单样本t检验、独立样本t检验和配对样本t检验。 t检验适用条件:小样本、正态分布、方差齐性 若是...
27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
## 1.设置当前工作目录 setwd("./ggmsa") ## 2.安装和导入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
实话说,这是一个非常庞大的问题,因为这个牵扯到服务器硬件,系统等软件因素,还有一些网络问题导致的玄学问题,复杂性导致它很有挑战。但是,我们不能因为有挑战性就放弃了,毕竟总会不...
写在前面 转眼五一假期就要结束。事实上,在每一个假期,我总是有一些想做的事情,比如完成某个分析任务?或者是写一个不错的工具。今次假期比较特殊,我似乎变得愿意安排出时间陪伴本应...