一. 群体结构评估 1.群体结构 群体结构评估内容构建系统发育树群体结构分析PCA（主成分分析） a.系统发育树 一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就...
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GWAS理论 1-3 群体结构与亲缘关系评估 -
GWAS学习笔记（2）-GWAS分析具体流程y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（pedigree，家系）：包含样本的谱系信息和基因型信息，必须与f...
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GWAS 分析练习（二）关联分析关联分析就是将突变与表型联系起来，如果表型是分类的，最简单的方法就是卡方检验。plink - -assoc 原理就是这样，但不能添加协变量，plink - -logistic...
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vcf文件与vcftools（二）
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件之间变异信息的差异比较等等。 1.基本用法 2.使用 官网提...
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R语言实现-T检验
写在前面搬运自公众号bioLinkx t检验用于检验两个总体均值是否一致，分为单样本t检验、独立样本t检验和配对样本t检验。 t检验适用条件：小样本、正态分布、方差齐性 若是...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
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利用R包ggmsa进行多序列比对_2020-05-31## 1.设置当前工作目录 setwd("./ggmsa") ## 2.安装和导入R包 # install.packages("ggmsa") library(ggmsa) ...
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2021-11-12R包安装报错怎么解决实话说，这是一个非常庞大的问题，因为这个牵扯到服务器硬件，系统等软件因素，还有一些网络问题导致的玄学问题，复杂性导致它很有挑战。但是，我们不能因为有挑战性就放弃了，毕竟总会不...
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多个Sanger测序结果和多序列比对结果的可视化写在前面 转眼五一假期就要结束。事实上，在每一个假期，我总是有一些想做的事情，比如完成某个分析任务？或者是写一个不错的工具。今次假期比较特殊，我似乎变得愿意安排出时间陪伴本应...
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IGV 导入本地基因组及注释文件IGV软件有自带的基因组文件和注释文件，使用自带的还是方便一些。但是，其使用的注释文件和基因组文件可能与我们数据分析时的不一致，这时候我们可视化bigwig文件或者bam文件...
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在IGV里同时查看多个region/gene之前使用IGV查看ChIP-seq结果的时候，一般就是只看某一个基因附近的peaks，或者同时打开好几个IGV界面(sessions)查看多个基因。从来没有几个基因一起查看过...
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IGV 杂记网页在线版 https://igv.org/app/[https://igv.org/app/] 本地安装，下载网址：http://software.broadinsti...
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IGV脚本批量截图IGV脚本批量截图 IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的基因组浏览器。我们常常用它来查看一些位点或者区域的变化。在一些文章的附...
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IGV导出SVG图片导入到AI里的方法
前言 从IGV里导出矢量图格式SVG，虽然可以直接用chrome查看，但是用AI打开编辑时会报错，并只剩下框架，没有各个tracks，如下图： 有些版本还会报带有Tiny的提...
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Tracksplot的绘制（绘图基础知识）最近年中汇总，会持续到6月底，我们就分享一些基础知识！ 我们的任务是实现下面这张图 直接开始,读取数据 开始绘制 在这里我们大功告成，完成上面图谱的绘制。 扩展一下 使用gg...
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基因结构绘图UTR、外显子和内含子位置和结构 运用在线分析工具GSDS(Gene Structure Display Server)绘制基因内含子-外显子结构图网址：Gene Struc...
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R语言：gggenes在基因组中画基因箭头图导读 gggenes: Draw Gene Arrow Maps in 'ggplot2'。 Github：gggens[https://github.com/wilkox/...
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genoplotR对基因组比较结果的展示先运行一段小的代码 一些数据格式的说明 dna_segs： （name，start，end，strand这四项是必须要的col，lty，lwd，pch，cex，gene_ty...
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genoPlotR绘制基因结构图绘制基因结构图的方法有很多，TBtools,GSDS网站等;今天介绍如何通过R绘制基因结构图，废话不多说直接看代码。 只需要安装加载所需要的R包，读入如下示例格式数据即可,
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跟着Nature Genetics学画图：R语言ggbio包画基因结构图论文是 Pan-genome analysis highlights the extent of genomic variation in cultivated and wi...
