理论知识 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
IP属地：广东
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深入解析Seurat整合单细胞数据函数FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正则化算法）hi 各位，今天我们来深入了解一下Seurat做多样本整合的深入算法，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函数中的的参数l2.norm 先来知道一下C...
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R语言绘图配色-RcolorBrewer包学习及进阶画图的过程中发现颜色太丑了，简单学一下配色。 RcolorBrewer包 看到有三种配色方法sequential： 生成渐变的颜色，标记连续型数据大小，可选择颜色种类范围是3...
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倾向性评分匹配完整实例（R实现）倾向性评分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在随机对照试验(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
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10X单细胞（10X空间转录组）22种基因差异分析方法汇总hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇文章10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总[ht...
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@王铄_d468 find.anchor应该是批次校正前寻找铆钉基因的函数
单细胞多样本整合（同批次）
单细胞前期工作重要的是如何将测序得到的多样本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夹 folders=f...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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主要是对R不够熟悉
单细胞多样本整合（同批次）
单细胞前期工作重要的是如何将测序得到的多样本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夹 folders=f...
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单细胞多样本整合（同批次）
单细胞前期工作重要的是如何将测序得到的多样本整合同步分析： library(Seurat) folders=list.files('./') #列出文件夹 folders=f...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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洛克菲勒大学2021年生信课1：Introduction to R, session 1R语言零基础同学看过来了，Rockefeller University最新的生信公开课。因为这个系列的课有PPT，所以我直接把PPT贴上来了，就不自己逐字逐句的打了（我好懒）...
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单细胞imputation数据补全之KNN-smoothing
单细胞测序面临的一个不可忽视的技术问题，就是dropout事件（表达大量的0值，表达矩阵比较稀疏），如何克服这些噪声，研究者开发了一些方法，用以填补这些0值，克服技术噪声。2...
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Graph Embedding之DeepWalkDeepWalk是一种用来学习图（网络）中顶点的潜在表示的一种基于简单神经网络的算法。DeepWalk 算法第一次将深度学习中的技术引入到图（网络）表示学习领域，且充分利...
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RNA-seq 转录组批次效应校正 combat代码
在合并分析不同来源或不同数据集的时候，需要做一个合并前的批次校正，在校正前后，可用PCA聚类查看批次校正的效果，以评估校正的可靠性。 这里我们用到的是sva包的combat函...
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矩阵奇异值分解(SVD)及其应用（PCA）一前言 特征值 奇异值 二奇异值计算 三PCA 1）数据的向量表示及降维问题 2）向量的表示及基变换 3）基向量 4）协方差矩阵及优化目标 5）方差 6）协方差 7）协方差矩...
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单细胞数据挖掘||DOSE：疾病本体论语义相似分析在拿到单细胞数据之后，我们指的跑完了cellranger 、scater、singleR、 seurat、monocle这些培训班老师带你走完的流程之后，要进一步的挖掘或者辅...
