理论知识 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
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GSEA 富集分析 -
深入解析Seurat整合单细胞数据函数FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正则化算法）hi 各位，今天我们来深入了解一下Seurat做多样本整合的深入算法，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函数中的的参数l2.norm 先来知道一下C...
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R语言绘图配色-RcolorBrewer包学习及进阶画图的过程中发现颜色太丑了，简单学一下配色。 RcolorBrewer包 看到有三种配色方法sequential： 生成渐变的颜色，标记连续型数据大小，可选择颜色种类范围是3...
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单细胞imputation数据补全之KNN-smoothing
单细胞测序面临的一个不可忽视的技术问题，就是dropout事件（表达大量的0值，表达矩阵比较稀疏），如何克服这些噪声，研究者开发了一些方法，用以填补这些0值，克服技术噪声。2...
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倾向性评分匹配完整实例（R实现）倾向性评分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在随机对照试验(Randomized controlled trials,RCT)中用于衡...
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10X单细胞（10X空间转录组）22种基因差异分析方法汇总hello，大家好，抓住这一周最后的小尾巴，给大家汇总一下我们单细胞数据寻找差异基因的22种方法，之前我分享的一篇文章10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总[ht...
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RNA-seq中的那些统计学问题（二）FPKM/RPKM之外的那些标准化方法目录 1. 标准化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Quantile1.6. Media...
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洛克菲勒大学2021年生信课1：Introduction to R, session 1R语言零基础同学看过来了，Rockefeller University最新的生信公开课。因为这个系列的课有PPT，所以我直接把PPT贴上来了，就不自己逐字逐句的打了（我好懒）...
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Graph Embedding之DeepWalkDeepWalk是一种用来学习图（网络）中顶点的潜在表示的一种基于简单神经网络的算法。DeepWalk 算法第一次将深度学习中的技术引入到图（网络）表示学习领域，且充分利...
