主要讲述PyMOL中常见的图形界面(鼠标)操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单,然后点...
主要讲述PyMOL中常见的图形界面(鼠标)操作 1.认识PyMol 1. 软件界面介绍 1.2 内置demo介绍 打开PyMOL,点击1.1菜单窗口的Wizard菜单,然后点...
今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
论文 Microbiome differential abundance methods produce different results across 38 datase...
clusterProfiler是业界大神Y叔写的R包,看过了它的绘图就会使人沉迷于其颜值无法自拔。本文很多内容直接翻译自官方文档,加上了我的测试数据(还是以果蝇为例)。 一、...
前言 从IGV里导出矢量图格式SVG,虽然可以直接用chrome查看,但是用AI打开编辑时会报错,并只剩下框架,没有各个tracks,如下图: 有些版本还会报带有Tiny的提...
说在前面 在国内做生信的小伙伴或多或少都听过一个大名鼎鼎的名字---Y叔,想当初小编初入生信大门时还专门百度查了一下,他就是南方医科大学生物信息学系主任余光创教授。Y叔在国际...
对于基因的差异表达谱,常用热图作为展示。但有时差异基因可能非常的多,热图中不可能将所有基因的名称标注出来。那么此时不妨选择一些比较重要的基因(比方说p值最显著的那些),在图中...
当我们画热图(heatmap)的时候,如果基因的名字比较多的时候,在热图中展示的话,就会出现名字重叠的情况,针对这个情况,我们有两种比较好的解决办法,第一是在热图中仅显示关注...
突然间发现,我一做热图就用pheatmap几乎不存在第二个选项了。是时候跑一遍pheatmap的demo了. Examples scale是一个值得注意的参数,它旨在说明你想...
分化时间是宏观进化的内容,以某一特定类群的化石记录作为参照点,通过基因序列间的分歧程度以及分子钟来估计速率恒定分支间的分歧时间,同时计算系统发育树上其他节点的发生时间,从而推...
论文 https://www.pnas.org/content/118/20/e2010588118[https://www.pnas.org/content/118/20/...
目标 通过varscan等找到somatic mutations之后,想看多个样本的突变之间的交集。bcftools是用来处理vcf文件,可以进行各种相关的处理和分析。 软件...
SnpEff使用方法 SnpEff 软件通过基因组结构注释数据(GTF文件),对VCF文件中的SNP/InDel信息进行注释,即主要解释了SNP/InDel是否能够对编码蛋白...
步骤如下: 1,在Mac中进入终端界面; 2,输入$ cd ../ (注意:cd后面有一个空格); 3,确保处于进入了 "/" 目录,若不是,请继续输入$ cd ../ 4,...
1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合,它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式,并能自动检测输入的格...
hello,大家好,今天我们来实现一下下面的这张热图 我们最关注的就是图的右边只标记感兴趣的基因,如何实现呢??? 准备作图文件 接下来,让我们来实现一下上面的热图。 为了绘...
自从开始分享自己的CRISPR-Cas9学习笔记和记录之后,收到了很多很有用的Tips以及一些未曾思考过的问题。分享学习笔记是一个非常好的学习方法,因每个人的背景知识、思维逻...
笔记内容:由二代测序产生的序列数据(fastq格式)到物种丰度的OTU table, 样本群落距离矩阵,物种多样性指数,序列的进化树及物种注释信息的分析结果,为常规分析流程。...
分享一个ggplot2绘制人体结构图的小例子,喜欢的小伙伴可以关注个人公众号R语言数据分析指南[https://mp.weixin.qq.com/s/pGpUYiVzxlK1...