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  • R:从otu表中提取门、属丰度表

    导读 qiime2会直接给出各个分类水平的丰度表,用R语言也可以从otu表中抽提出各个水平的丰度表。这次仅分享代码,不模拟数据了。 一、数据 一个常见的OTU表 二、抽提门丰...

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    组间差异分析:Anosim

    无论是野外环境样品,还是室内试验样品,一般我们都会设置样方或平行样来增强分析的准确性,必要时还会进行区组设计,因此在数据分析中需要进行组间差异的比较判别。然而对于微生物群落数...

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    python数据统计分析

    1. 常用函数库   scipy包中的stats模块和statsmodels包是python常用的数据分析工具,scipy.stats以前有一个models子模块,后来被移除...

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    相关性计算与检验

    成对数据进行相关性分析可使用可视化方法及相关性检验方法:可视化方法主要通过散点图观察数据的线性关系; 而相关性检验主要通过Pearson检验、Kendall检验、Spearm...