SweepFinder2 使用一种基于Composite Likelihood Ratio (CLR)的方法来检测正选择。CLR 是一种统计量，通过比较基因组中特定区域的观察...
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Sweepfinder2 检测正选择信号
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XP-CLR 检测不同种群间选择信号XP-CLR 的基本思想是利用不同种群的等位基因频率差异和连锁不平衡模式来识别选择信号。假设一个基因在种群 A 中经历了选择，而种群 B 没有，选择位点周围的 LD 模式和等...
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SV 合并软件 SURVIVOR
SURVIVOR 软件的功能： 1)Simulate SVs and evaluate existing callers.2) Merge and compare SVs w...
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read 读取文件并将变量应用在 awk 中
read 读取文件并将一行中的不同字段存储至不同变量中； 比如说： cat testzhang 10 155wang 8 148 可以用 read name age ...
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转座子元件注释 RepeatMasker 安装
RepeatMasker是一个用于识别和屏蔽（mask）基因组中重复序列的软件工具。重复序列在基因组中占据了很大的比例，并且对基因组的结构和功能具有重要的影响。RepeatM...
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结构变异检测软件 SYRI 的使用目前检测结构变异的方法众多，长 reads 序列的比对有 NGMLR、Minimap2、Nucmer 等；基于序列比对结构检测结构变异的软件有 SVIM、Sniffles、S...
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vcftools 计算 pi、fst、tajima's D
计算每个位点的多态性； vcftools --vcf test.vcf --site-pi --positions SNP_list.txt --out out.txt...
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bgzip 压缩文件，tabix 建索引
在对 vcf 文件压缩时，不可以用 gzip 来代替 bgzip； 压缩 bgzip -f view.vcf 解压缩 bgzip-d view.vcf.gz 或者gunzi...
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OrthoFinder 检测同源基因OrthoFinder是一种用于鉴定和比较生物学物种之间的同源基因组学的工具。同源基因是在不同物种之间由共同祖先继承的基因。OrthoFinder旨在帮助研究人员理解基因组学...