这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也可以走走edgeR或者limma的voom流程。基本任务是得到差异分析结果，进...
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转录组入门（7）：差异表达分析 -
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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exonerate的安装与使用
wget http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/vertebrategenomics/exonerate/exonerate-2.2.0-x86...
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R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件
这是我第一次写简书上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科...
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群体遗传学的那些事儿（一）
这周开始会陆续每周和大家分享一些和群体基因组学相关的知识（嗯，我又开始挖坑了）。本次推文先不进行具体知识的讲解，先从比较泛的角度去介绍一下群体基因组学。 个体对群体遗传组成的...
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SAMtools: SAM格式的处理利器SAM及其相关工具 SAM格式介绍 SAM全称是Sequence Alignment/Map, 是目前最常用的存放比对或联配数据的格式。无论是重测序，还是转录组，还是表观组，...
