测序深度(Sequencing Depth) 相当于测了几遍； 指测序得到的总碱基数（bp）与所测物种基因组大小的比值，其是评价测序量的重要指标之一； 如：测序产生了1000...
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名词解释：测序深度&RPKM、FKPM、TPM
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基础——illumina测序原理与细节（以RNA-seq为例）目前我们主要分析的数据还是二代测序的数据，也就是大家经常挂在嘴边的 NGS，而这其中最大的赢家应该算是 illumina 测序公司了，其经典的边合成边测序（sequencin...
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一文阐述链特异性测序——stranded? reverse-stranded? un-stranded?小小的眼睛里，装着……大大的疑惑 全文2800字，伤脑筋…… 今天尝试把自己对于 stranded、reverse-stranded、un-stranded 这个问题的理解给...
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R语言中的连接dplyr中的join系列与merge函数
在数据分析过程中，仅仅涉及一张表格的情况是非常少见的，我们经常需要联系到其它表格的数据，整合这些表格的信息。这时我们需要常见的三类操作来完成。 合并连接：根据观测合并表格 筛...
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R语言绘图包02--热图pheatmapR语言绘图包系列： R语言绘图包01--优秀的拼图包patchwork[https://www.jianshu.com/p/e57555d48c91] 热图输入的数据是数值型...
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R相关性分析和相关性热图相关性分析 相关性分析是指对两个或多个具备相关性的变量元素进行分析，从而衡量两个变量因素的相关密切程度。相关性分析旨在研究两个或两个以上随机变量之间相互依存关系的方向和密切程...
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蛋白质数据分析笔记MaxQuant后续分析perseus使用1官方给出了三个例子[http://coxdocs.org/doku.php?id=perseus:user:use_cases:start][http://coxdocs.o...
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2019-11-12 蛋白质组学数据中缺失值处理转发自http://crickcollege.com/news/170.html 有趣的小故事 美国作家Shel Silverstein有一篇经典的图画寓言---《缺失的一角...
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2019-11-12 人气推文p值、E值、FDR、q值…你晕菜了吗？续集来啦！转发自http://crickcollege.com/news/148.html 承前 小编很惊喜地看到，上一篇介绍蛋白质组学统计学参数的推文在朋友圈着实火了一把，真心感谢各...
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2019-11-12 听课笔记之蛋白质组学研究方法概述（上）转发自http://crickcollege.com/news/167.html 写在前面从10月底开始，由克里克学院与康昱盛主办的蛋白质组学网络大课堂正式开班了，整个课程由...
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PCR原理及注意事项
PCR，聚合酶链式反应，下面有个简单的视频做演示 PCR原理（一个小动画，把PCR的原理讲解得挺清晰）[https://www.bilibili.com/video/BV1Z...
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关于GSEA富集结果条目数一跑一变的迷思和恍然大悟当只有自己发生状况时，归结给运气和自己太菜；当别人发生同样的状况时，归结给共同的客观原因，比如网速太慢、电脑太烂；当伟大的互联网告诉你有更多的人遭遇了同样的困惑，才终于投向科...
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dplyr包中的inner_join、semi_join、left_join、anti_join、full_join
前⾯面已经介绍过 rbind 和 cbind 函数的⽤用法，如下:rbind : 根据⾏行行进⾏行行合并，就是⾏行行的叠加，m⾏行行的矩阵与n⾏行行的矩阵rbind()最后变...
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1.R中的mpg数据框
【上一篇：关于本书】[https://www.jianshu.com/p/62176626219a]【下一篇：2.ggplot绘图命令解析】[https://www.jian...
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如何复现别人的四象限图要复现的原图来自文章：https://www.sohu.com/a/242022054_278730[https://www.sohu.com/a/242022054_278...
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本科生信，喜欢编程。<br><br>目前是一个nobody。
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R语言-制作motif的PWM一、PWM与PFM的介绍 motif指的是转录因子偏好结合的DNA序列模式或RNA结合蛋白偏好结合的序列模式，一般使用PWM来表示motif。 制作PWM的过程如下： 首先计...
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R语言可视化（二十七）：序列logo图绘制27. 序列logo图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用seqLogo包绘制序列logo图 使用ggseqlogo包绘制序列logo图 使用motifStack包...
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加载R包unloadNamespace时，我该怎么办
当我们的R底层逻辑不清楚的时候，bug就会不经意地来到我们眼前。比如： 这时候，我该怎么办呢？就是把上一层的Namespace，给unload掉，再加载。 那么，为什么会报这...
