在NCBI下载的转录组数据 本来是双端测序数据，但是不知道为啥read1 和 read2是在一个文件里，拆分的话可以使用seqkit这个工具 参考链接 https://bio...
发简信
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生信 | iSeq超便捷！快速下载GSA/SRA/ENA的数据以及metadata信息一、写在前面 最近在下载GSA数据的时候发现一个小工具iSeq，简直太好用了，分享给大家！iSeq的GitHub链接：https://github.com/BioOmics/...
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Kraken的原理浅析Kraken和Kraken2（Kraken的迭代版本）是微生物组分析中最常用的软件，与其他同功能的软件相比，在速度快的前提下，准确性也很高。那么，Kraken究竟是如何做到的...
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二代测序通过bam文件统计深度和覆盖度2024年3月1日更新 推荐直接用最近的新软件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth]，C语言写的，速度很快。 以下为旧...
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测序数据的深度、覆盖度等计算Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段（短读 short reads）“覆盖”的强度有多大？ 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
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bam2fastq(bam文件转fq/fastq)
bedtools工具包bamtofastq转换工具 picard中的SamToFastq转换工具 samtools亦可进行bam文件（到fq）的转换 总结一下 此三种方法，某...
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病原微生物检测引物及探针设计
最近在搞一个PCR法病原微生物检测产品的引物及探针设计项目，在进行调研初步了解后，发现此项目重难点在于序列数据库构建及模板序列的挖掘。 序列数据库构建主要是因为数据量...
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请问最后的报告有推荐的软件吗，谢谢
一文看懂病原微生物检测（下篇）
作者：biofan审稿：童蒙编辑：amethyst 继一文看懂病原微生物检测（上篇）[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5NTE4...
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bowtie2比对软件的安装及参数详解
测序数据分析软件，Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类...
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Pilon | 基因组纠错
前言 三代测序错误率比较高，一般组装后需要进行纠错来提高准确度。本次介绍使用Pilon通过引入二代测序数据来对三代基因组进行纠错。 Pilon官网 Pilon软件安装 Pil...
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基因表达分析（中）- 富集分析
回顾 首先对基因表达分析（上）做一个简单的回顾 研究基因表达的有如下工具：RNA-Seq，microarray， qRT-PCR等（欢迎补充） RNA-Seq，microar...
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宏基因组分析：从Raw data到profile的简单流程
简介 该宏基因组流程主要有四步，分别是1.检查raw data；2.获得高质量reads；3.合并PE数据；4. reads map到参考数据库得到profile。 初步想法...
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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Python爬虫，批量获取知网文献信息一、前言 最近临近毕业，写毕业论文需要从知网查找大量的文献。但去知网一条一条进去看摘要又略显麻烦和浪费时间。于是，反手写一个爬虫，批量获取基本信息，岂不美哉？在开始这个项目之...
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OrthoFinder寻找同源基因并建树提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...
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你要是需要的话 留个邮箱 我发给你
geneious4.8版本破解
转自https://www.52pojie.cn/thread-866737-1-1.html 序列分析软件，基本上能搞定你可以看到的文献上序列显示图片 不可升级！ 解压，安...
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使用KaKs_calculator计算Ka/Ks的一个小实例更新20181216 今天又把KaKs_calculator2.0的帮助手册翻出来看了一遍，找到了一句话：Before calculation, gaps and stop ...
