在NCBI下载的转录组数据 本来是双端测序数据,但是不知道为啥read1 和 read2是在一个文件里,拆分的话可以使用seqkit这个工具 参考链接 https://bio...
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一、写在前面 最近在下载GSA数据的时候发现一个小工具iSeq,简直太好用了,分享给大家!iSeq的GitHub链接:https://github.com/BioOmics/...
Kraken和Kraken2(Kraken的迭代版本)是微生物组分析中最常用的软件,与其他同功能的软件相比,在速度快的前提下,准确性也很高。那么,Kraken究竟是如何做到的...
2024年3月1日更新 推荐直接用最近的新软件PanDepth[https://github.com/HuiyangYu/PanDepth],C语言写的,速度很快。 以下为旧...
Coverage Depth 覆盖深度 mapping depth 基因组被测序片段(短读 short reads)“覆盖”的强度有多大? 每一碱基的覆盖率是基因组碱基被测序...
1.安装samtools并将sam文件转为bam文件samtools是一款非常好用的工具,本文我们使用的功能较少。详细的使用方法请见:samtools用法详解_samtool...
bedtools工具包bamtofastq转换工具 picard中的SamToFastq转换工具 samtools亦可进行bam文件(到fq)的转换 总结一下 此三种方法,某...
最近在搞一个PCR法病原微生物检测产品的引物及探针设计项目,在进行调研初步了解后,发现此项目重难点在于序列数据库构建及模板序列的挖掘。 序列数据库构建主要是因为数据量...
测序数据分析软件,Bowtie是一个超快的,存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度,将短的DNA序列片段(reads)比对到人类...