@Kepler_daf2 可以的
BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在犹豫是否补充一篇怎样拆分染色体进行比对和变异检测（主要是为了提高比对和变异检测效率）的帖子。开始没有规划这篇内容的原因有两点：一是内容比较简单，觉得可能用处不大；二...
IP属地：天津
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R可视化——ggplot2绘制柱状堆积图并添加连线安装、加载R包 构造数据并对其进行处理 绘图 1、绘制柱状堆积图 2、使用ggplot2拓展包ggalluvial重新绘制并添加连线 模板代码 更多精彩欢迎大家关注微信公众号...
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BSA分析（八）——OcBSA背景 双亲高度杂合（亲本由多个单体型构成）的分离群体利用常规的BSA分析方法往往结果并不理想，因为在混池中有多等位基因的干扰。OcBSA就通过解析两个杂合亲本的4条单体型在后...
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BSA分析（七）——DeepBSA本篇内容根据官方说明文档撰写，软件操作十分简单，所以内容不再特别详细的介绍。 DeepBSA是一种用于解析复杂性状的创新Bulked Segregant Analysis（B...
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vcf文件过滤亲本纯合且差异位点
了解过vcf文件的格式之后，对亲本纯合且差异的位点进行过滤就变得简单多了。如果格式规范的话一行awk命令其实就能解决。这里为了提高脚本的适用范围，所以写的稍微麻烦了些。 脚本...
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BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在犹豫是否补充一篇怎样拆分染色体进行比对和变异检测（主要是为了提高比对和变异检测效率）的帖子。开始没有规划这篇内容的原因有两点：一是内容比较简单，觉得可能用处不大；二...
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染色体拆分VCF文件合并
本篇帖子的分享内容主要也是和前面大基因组拆分相呼应的，利用前面拆分的基因组文件，对变异检测结果文件中拆分的染色体部分进行合并，并输出最终结果。 脚本内容如下： 往期内容 大基...
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BSA分析（五）——变异检测及样本合并
本文中vcf文件的获取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模块，该模块的原理大概如下： 定义active regions 沿着参考基因组以一定的窗口滑动，统计比...
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BSA分析（四）——序列比对及比对信息统计
拿到质控后的数据就可以开始进行数据的比对了。（这里复习一下）需要确定好参考基因组，参考基因组选择标准：质量高、完整、和某一亲本相近（是亲本之一的基因组当然更好了） 比对软件 ...
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BSA分析（三）——测序数据的质控关键词：BSA分析，测序数据质控，FastQC，Trimmomatic，去接头序列 数据格式 一定要先搞清楚数据的格式，才能进行进一步的数据整理。我们拿到测序数据基本是fas...
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BSA分析（二）——分析准备工作关键词：BSA分析，群体构建，性状选择，测序数据性状选择、群体构建、测序数据以及参考基因组是BSA分析结果成功的关键。所以在准备进行BSA分析之前一定要结合实际情况（人力、财...
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BSA分析（一）——原理及发展史背景及原理 BSA（Bulk Segregation Analysis）最早是由Michelmore等人（Michelmore et al., 1991）提出，该实验室起初是...
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4Dtv（四倍简并位点颠换率）的柱状轮廓图！！！！！需要脚本留言可取！！！！！ 摘要 在做WGD分析的时候经常见到4Dtv的柱状图，同时有很多文章中使用的是柱状的轮廓图。在这篇帖子最主要和大家分享一下柱状轮廓图绘制方...
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汇总 | 转录本表达矩阵 到 基因表达矩阵写在前面 前天，我写了一个 TBtools 插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得 基因表达量矩阵（TPM） 和 基因读段计数矩阵（Count）。已经提过了，...
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我是单亲本的BSA,需要做什么特殊处理吗？为什么按这个方法转化后总是报错说无法识别AD.LOW
使用QTLseqr进行BSA-seq分析
QTLseqr是一个用于BSA-seq的R包，它能够读取GATK输出结果进行过滤，最终使用SNP-index和G 统计值的方法进行定位。我们这次尝试使用这个R包来替代我们自己...
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WGCNA学习：WGCNA应用场景与实例解读WGCNA笔记第二弹 WGCNA分析原理 WGCNA应用场景 WGCNA分析实践 1.WGCNA应用场景 不同组织样品 时间序列样品：生长发育，胁迫处理 单个材料：相同处理不...
