在做三代测序全长转录组分析工具调研时，记录一些和三代测序工作相关的实验室和PI，那就先从开发FLAIR软件的实验室开始吧！ Angela N. Brooks 教授 Brook...
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三代测序人物系列 | Angela N. Brooks -
全长转录组 | ONT Direct RNA测序 (DRS) 技术原理、数据分析和应用"牛津纳米孔技术公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）开发的第三代测序平台是 目前唯一能够直接对天然RNA链进行测序的技术平台。ONT - ...
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@魏玉平 再检查一下参数设置，是不是哪里打错了呢
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 （lo...
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Nanopore数据分析软件tomoboNanopore数据分析软件tomobo Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modi...
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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Flair今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本校正，聚类，可变剪切分析，定量和差异分析为一体的工具 - FLAIR[https://flair.readthedocs.io...
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Gviz绘制基因isoform结构The Gviz User Guide[http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/Gviz/in...
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全长转录组 | 三代全长转录之circRNA（ONT ）-- CIRI-long环状RNA（circular RNA，circRNA）是一类特殊的非编码RNA（noncoding RNA，ncRNA），也是RNA领域最新的研究热点。与传统的线性RNA（l...
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@朝赤 如果单纯想去接头的话，可以试试Porechop ：https://github.com/rrwick/Porechop，2018年停止更新维护了，但是依然可以用，我尝试过。现在有最新的Porechop_ABI：https://github.com/bonsai-team/Porechop_ABI，可以试试。
三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤
对于二代测序，可以使用fastQC[https://github.com/s-andrews/FastQC]软件对原始下机数据质量进行全面的统计及绘图，多样本时可进一步结合使...
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全长转录组 | PacBio 全长转录组测序的时代是否已经来了？ Kinnex full-length RNA Kit测评个人认为随着国内第一批PacBio Kinnex full-length RNA测序数据的下机，以及Revio测序仪的加持，PacBio全长转录组正式进入可定量的时代。至此，...
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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- Bambu今天我们继续介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - Bambu[https://github.com/GoekeLab/bambu]。来自新加坡科技研究...
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最早可以使用ONT官方的pinfish：https://github.com/nanoporetech/pinfish。现在已经停止更新了。 您可以试试FLAIR：https://flair.readthedocs.io/en/latest/index.html；做到flair collapse 这一步就可以。
全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （2）-- pigeon
通过isoseq collapse和pigeon，我们最终能得到带有基因注释的表达矩阵，后续基因的差异分析，差异基因的KEGG注释等都和二代RNA-seq类似了。 Isose...
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@荣_e687 您好您好，最早可以使用ONT官方的pinfish：https://github.com/nanoporetech/pinfish。现在已经停止更新了。 您可以试试FLAIR：https://flair.readthedocs.io/en/latest/index.html；做到flair collapse 这一步就可以。
全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理
ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 （lo...
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全长转录组 | 三代全长转录组分析流程（PacBio & ONT ）-- IsoQuant今天我们介绍一款使用三代全长转录本数据进行转录本注释和定量的工具 - IsoQuant[https://www.nature.com/articles/s41587-022-...
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微生物全长16S | Full-length 16S Analysis -- PacBio Hifi Reads微生物研究新世代 -- 三代全长16S （Full-length 16S） 时至今日，微生物群落研究已全面进入测序分析阶段，当前研究主流处于二代扩增子与三代扩增子交接的时段。...
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全长转录组 | Oxford Nanopore (ONT) 三代全长转录组分析流程 -- 数据质控和预处理ONT全长转录组测序是指基于牛津纳米孔公司（Oxford Nanopore Technologies，ONT）三代测序平台进行的全长转录组测序。利用三代测序平台长度长 （lo...
