哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

多序列比对（Multiple Sequence Alignment，简称 MSA）大家应该都不陌生了吧！这是用于比较多个序列相似性和差异性的常用分析方法。 在 Linux 系...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

学习GO富集分析 一、准备 如果想安装动物的数据库可以用OrgDB数据库，其中包含了19个模式物种对应的全基因组注释R包，方便直接根据物种基因ID进行GO，KEGG注释分析等...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

跑一遍 一、数据准备和读取 拟南芥数据 二、数据处理 三、可视化 1、气泡图 2、柱形图 今天就不介绍图形了，就跑个完整代码~下次出专门介绍各种图的。 生物信息学领域非常广泛...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

一、力导向布局（Force-directed Layout）： 力导向布局可以通过模拟物理力（例如斥力和引力）来摆放节点，使得相互作用较强的蛋白质会被拉得更近，反之则相隔更远...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

SNP密度图是一种常用的遗传学数据可视化工具，主要用于直观展示单核苷酸多态性（SNP）在基因组上的分布密度。 通过该图，研究者可以有效地分析SNP在不同染色体或基因组区域的分...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

一、文献 WGCNA（Weighted Gene Co-expression Network Analysis，加权基因共表达网络分析）是一种用于挖掘高维基因表达数据的系统生...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

这是我看别人数据画的，比一般的火山图好看，那我们用上次的数据试一下。 1、上代码，简单处理一下数据即可绘图 2、出图（代码正常运行，数据自己调整啦~） 3、完毕 生物信息学领...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

在生物学和植物学研究中，地图作为展示物种分布、分析生态环境关系以及追踪动态变化的重要工具，具有不可或缺的作用。 通过地图，研究人员能够直观地呈现植物物种的地理分布范围，深入探...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

有的 R 包可能要求一个更高版本的 R 才能安装或正常工作，所以先安装或者更新R，来更轻松地安装并使用最新的 R 包。 一、 1. 更新 R 到更高版本 ① 在 Ubuntu...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

第1节 测序技术 全基因组测序的英文是Whole Genome Sequencing，简称WGS，目前默认指的是人类的全基因组测序。 所谓全（Whole），指的就是把物种细胞...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

第2节 FASTA和FASTQ 其实之前有写过，FASTA和FASTQ 的部分内容。在本次就更详细地介绍一下。 首先，FASTA 和 FASTQ 是存储核苷酸序列信息（即 D...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

第3节 数据质控 一、正式流程的搭建，整个完整的流程分为以下6部分： ① 原始测序数据 fastq 的质控 QC； ② read比对，排序和去除重复序列； ③ Indel区域...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

第4节构建WGS主流程 这是WGS数据分析的流程图。流程的目的是准确检测出每个样本（这里特指人）基因组中的变异集合，也就是人与人之间存在差异的那些DNA序列。 一、准备阶段 ...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

物种丰度堆积柱状图是一种常用的生态学可视化工具，用于展示不同物种在样本中的相对丰度和组成。 1、运行代码： #importdata and modify itphylum<-...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

一、短序列比对、双序列比对和多序列比对的区别 二、短序列比对主要是将测序的reads重新定位到基因组上，这个过程也叫回帖，mapping。 （1）基本概念 a. 覆盖深度与覆...

哦哦哦哦哦哦哦哦哦哦

blast的短序列比对 blast所使用的query一般为基因等序列较长的对象，但有时候我们也需要使用短的query序列[https://www.cnblogs.com/em...