本文转载自:Bionifarmer[https://www.cnblogs.com/jessepeng/p/14375487.html]。个人感觉非常好。如有侵权,请联系我。...
1、bed文件格式介绍 BED文件每行至少包括chrom,chromStart,chromEnd三列必选;另外还可以添加额外的9列可选,这些列的顺序是固定的(之前一直以为时第...
解决问题:interproscan 软件 在Linux中配置(个人经验,仅供参考~) 提示:安装的版本是interproscan-5.55-88.0-64-bit 一、参考文...
基本概念 SNP:单核苷酸多态性主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。 SNP位点注释:顾名思义也就是把SNP位点信息和基因组信息相关联,比如有多...
导入数据 BGI开发的一款web工具,用于可视化GO注释结果。自己平时不用,但要介绍给别人,简单记录下要点,避免每次授课前自己忘了又要摸索。 地址:http://wego.g...
很多时候,我们一直想做到出色,做到出彩,但是比我们优秀的人,却在相同的方向上,做了十年,出彩了十年,而且他们没有停下脚步~~ 写在前面 Emmm,GO注释常常是一个有点争议的...
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言,说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的,确实这是一个比较重要的问题。第一,过滤到一些低质量的SNP可以防止calling一些假阳性...
三年过去,我们更新了至少300个版本,尽管现在标签只是 TBtools v1.110。今天除夕,给大伙送一个新春大礼包,TBtools 主程序新功能,「PPI Predict...
TASSEL是最早出现的用于动植物关联分析的软件,还可以对进化模式以及连锁不平衡进行评估,功能非常强大,要说缺点,可能就是真的有点慢。 表型数据处理在下面这篇帖子中有介绍,这...
EMMAX是关联分析速度提升的一个代表性算法, 已广泛应用于棉花、大豆和水稻等的复杂性状关联分析。EMMAX认为,每一个SNP对复杂性状的解释率都很低,每个组件的方差在运算中...
确定了与表型显著的SNP位点后,通常会选择在显著性位点所在位置前后,各一定的距离内,确定候选区间,进行候选基因挖掘,而这个距离如何确定?9.5 GWAS显著SNP筛选及曼哈顿...