TCGA数据库中含有的癌症名称，简写和中文名称 Abbr英文名称中文名称ACCAdrenocortical carcinoma肾上腺皮质癌BLCABladder Urothe...
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TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照
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职业规划职位薪酬表 翻看公众号，偶然看到一份医药行业各岗位的薪资情况，数据是基于一家咨询公司。重点是这张表罗列了医药行业各个岗位的职位框架，分门别类的罗列了各个细分领域的职位，如研发...
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@39d9b5b8fdc1 别人分享的，感兴趣可以研究一下这篇文献：Spatiotemporal Dynamics of Intratumoral Immune Cells Reveal the Immune Landscape in Human Cancer
ssGSEA 与CIBERSORT分析--肿瘤免疫浸润分析
背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之间的区别？ 从输入的表达矩阵入手1. GSEA的输入矩阵：差异表达分析后得到的矩阵！一列基因名/ENTREZ ...
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org.Hs.eg.db 包的使用jimmy布置的个R语言中级作业中提到了几个R包，我查找了Bioconductor中org.Hs.eg.db包的使用说明书，为了自己更好的理解和应用，做了以下笔记。 首先了解...
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GO富集分析前段时间，我们对显著差异转录本Pathway富集进行了解读，。今天，我们再来看看GO分析，以及相关图表的意义。 GO分析网站：http://pantherdb.org/，以及...
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ESTIMATE免疫评分和肿瘤纯度背景： 在肿瘤微环境中，除了免疫浸润细胞，还存在大量的肿瘤细胞和基质细胞。不同类型的免疫细胞在抗肿瘤和肿瘤免疫逃逸过程中又发挥了不同的作用，肿瘤的生长、侵袭和转移与肿瘤的生长...
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ssGSEA 与CIBERSORT分析--肿瘤免疫浸润分析背景 GSEA、GSVA、ssGSEA和GO、KEGG富集分析之间的区别？ 从输入的表达矩阵入手1. GSEA的输入矩阵：差异表达分析后得到的矩阵！一列基因名/ENTREZ ...
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2021-09-25。惋惜，Oncomine将于2022年1月17日终止服务
如题，芒果必须告知各位果友这个不幸的消息——Oncomine数据平台将于2022年1月17日终止服务。关于Oncomine平台的离场，芒果很伤心，也很惋惜！ 但是，现实总是残...
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表达谱分析组织中细胞组分情况 --- CIBERSORT & xCell肿瘤微环境是近年来的研究热点。复杂而动态的微环境中，肿瘤细胞与浸润性免疫细胞、基质细胞等相互作用，这在促进或抑制肿瘤生长、侵袭、转移以及对病人临床预后方面可能具有多方面的影响...
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GSEA 富集分析理论知识 GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a kno...
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GSEA笔记GSEA缩写 GSEA的全称是Gene Set Enrichment Analysis，中文翻译就是基因集富集分析，最早提出GSEA的文章是下面的这篇文献： 基因集富集分析是...
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GSEA富集分析学习笔记
教程https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484582&idx=1&sn=1e01276e121...
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复现：纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度最近学习了生信菜鸟团的纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度,想复制作者的流程，但是发现了几个不一样的地方，所以重新整理流程，代码主要来自原作者Juan_NF。 文...
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一个看似简单的需求——修改富集分析的dotplot图刘小泽写于2020.2.6最近再一次做起了转录组，但这一次需求有点小改变，需要自己定制一下，具体原因看本文吧。其中要特别表扬花花💏同学，帮了个大忙！ 问题由来 我们一般进行富...
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R包clusterProfiler: 转换ID、GO/KEGG富集分析参考这篇ID转换不用怕，clusterProfiler帮你忙这篇详细讲了无参考基因组该怎么办，值得一看 简单介绍一下几种常用的ID：Ensemble id：一般以ENSG开头...
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TCGA 差异分析及作图原始数据准备 学习生信我认为首先要具有全局观，首先要弄清楚做什么分析，需要准备什么文件，然后把这些文件变成什么样子。当准备工作做好后，直接调用R包进行分析和作图。为了方便看，...
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R-Markdown的学习一、基本语法 1.标题 一个#是一级标题，二个#是二级标题，以此类推。 2.字体格式 3.引用 4.图片 5.有序列表 二、代码 1.单行代码 2.多行代码 三、R-Mark...
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R-Markdown学习与使用简介 markdown是一种纯文本格式的标记语言，只需要简单的标记语言就可将文本格式的内容具有一定的格式。核心是将文字与排版分开，从而将注意力集中于文字本身。但其本质，M...
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dplyr包1. dplyr简介 dplyr是R语言的数据分析包，能对dataframe类型的数据做很方便的数据处理和分析操作。d代表dataframe - plyr是英文钳子plier...
