使用cBioPortal进行复杂的癌症基因组和临床profiles整合分析（Y大宽原创，转载需要说明） 主要来自于doi:10.1158/2159-8290.CD-12-00...
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TCGA 数据分析实战 —— GSVA、ssGSEA 和单基因富集分析前言 前面，我们介绍过了差异基因的功能富集分析，今天，我们对这部分的内容作一些补充 主要介绍一下 GEVA、ssGSEA 和单基因的富集分析 GSVA 我们知道，GSEA 富...
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ssGSEA算法原理及应用TCGA数据zhuang_gj 2020/10/11 ssGSEA算法原理及应用[#ssgsea%E7%AE%97%E6%B3%95%E5%8E%9F%E7%90%86%E5%8F%8A...
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判断GEO芯片数据表达矩阵是否需要log2转换通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方法就是，根据数值大小粗略估计：如果表达量的数值在50以内，通...
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Scale和Normalization的异同前言 在处理数据的时候，经常会遇到两个名词Scale和Normalization，这两个名词经常会被混杂着使用，让我在理解一些操作的时候经常会迷糊，那么我就结合R语言里面的s...
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讨论学习R的grepl函数，附代码俗话说，“独学而无友，则孤陋而寡闻”。 为了方便大家交流学习，共同进步，我特地创建了☞生信交流群[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4O...
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跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO)跟着Cell学作图|8.富集网络图(Cytoscape/ClueGO) “实践是检验真理的唯一标准。”“复现是学习R语言的最好办法。” DOI: 10.1016/j.cell...
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跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画箱线图(boxplot)展示D statistic今天推文重复的图来自于 论文Whole-genome resequencing of 445 Lactuca accessions reveals the domestica...
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Citavi使用笔记（二）1. 关于group/category 之前我一直用category来将文献分组，但是自从看了官网的介绍后，对于group和category的使用有了新的体会。group更适...
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是否该结束“说简书”
昨天在简村转悠，发现简友云卷云舒写了一篇文章，题目是《是否该结束“谈写作”》，文中提到老师点评给出三点建议：一、不要总是谈写作。如果一直写同质化的东西，容易让人生厌；二、要多...
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找出自己写作的薄弱环节在简书里日更已经355天了，写了这么久，总算有了一点小小的成绩。 今天有简友给我留言，字数少了，文章不错。这位朋友真是一针见血，这个就是我写作的薄弱环节，不知道是自己懒，还是...
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全国网络作家达到1750万，投稿泥牛入海也释然了
昨天看了一篇文章，说目前国内网络作家已经达到1750万人。具体报道如下: 第六届中国网络文学论坛在内蒙古赤峰隆重召开，大会公布了最新数据： 截止目前，全国网络作家的数量已经达...
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消零派052号贺兰岳：四月份工作总结本人贺兰岳，是3月1号来到简书的，来到后我收获了太多关心与厚爱！在个人成长方面我得到多位简书前辈的提携与指点；在写作投稿方面得到了“悠云阁”和“爱心小岛”的加持与助力。在这个...
