maftools是一个很强大的R语言可视化包，上篇“maftools画瀑布图（oncoplot）”(https://www.jianshu.com/p/6cccf7c4bb0...
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maftools画棒棒糖图 （Lollipop chart）-基因突变可视化 -
TCGA+biomarker——单因素Cox回归
生存分析KM法与Cox法异同 KM 方法即Kaplan-Meier survival estimate是一种无参数方法(non-parametric)来从观察的生存时间来估计...
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照葫芦画图之统计描述（一）
说在前面 简单说对一切实验结果分析的核心就是数据，当我们面对原始的大量数据时，这些数据中很可能夹杂着没有任何意义或者意义模糊的数据，我们很难从中发现有用的信息。 为了快速且有...
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R语言生存分析
杀杀生存分析！首先是做生存分析的目的 生存分析：描述几类患者的生存/死亡/结局情况 举个例子：健康的人在长期的随访时间内都不会死亡，如果我们有一百个健康人入组，那么没有意外的...
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Lecture 8 Normalization and Affymetrix原文地址：http://x2yline.gitee.io/microarray_data_analysis_note/notes/8%20Normalization%20an...
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RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析这个推文已经发布在生信技能树公众号： RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
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TCGA数据差异分析后生存分析（批量单因素cox回归/Lasso筛选，多因素cox建模，时间依赖ROC曲线及KM plot可视化）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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个性化生信分析
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最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
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Q：Microarry数据标准化流程？本文为记录阅读王诗翔老师博客《Bioconductor分析基因芯片数据[https://shixiangwang.github.io/next-blog/bioinforma...
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TCGA数据挖掘入门---什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？
1. 什么是TCGA？TCGA中有哪些数据？ TCGA的全称是The Cancer Genome Atlas, 这个项目始于2005年，它旨在使用基因测序和生物信息学编目与癌...
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跟着Nature microbiology学画图~R语言画韦恩图然后拼图今天要模仿的图片来自于论文 Core gut microbial communities are maintained by beneficial interactions ...
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Array芯片测序数据的探针对应基因注释方法对于基因芯片Array测序数据，基因是与探针(probe)存在对应关系，而不同平台(platform)的探针与基因对应关系都是不同的。因此在挖掘GEO里的array数据时，需...
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GPL文件 一个探针对应多个symbol 整理成data.frame 【已解决】虽说简单，但对R语言不熟悉的人来说还是需要指点一下，才会用。首先是GPL下载的文件，以GPL96为例。 提取最感兴趣的3列。 好的，接下来需要得到每个probe 对应单个sy...
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简单的转录组差异基因表达分析 -- DESeq2经典的转录组差异分析通常会使用到三个工具limma/voom, edgeR和DESeq2。今天我们就通过一个小规模的转录组测序数据来演示DESeq2的简单流程。 文中使用...
