空间转录组结合多模态数据进行空间数据分析正在成为热点，包括昨天刚介绍的METI和今天的文章。 近日，《Nature Communications》又发表了一篇关于空间转录组分...
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生信算法||新算法，soScope结合多模态数据进行空间分辨率增强 -
生信算法||新算法，METI结合HE图像深入研究TME近日，《Nature Communications》发表了一篇关于空间转录组肿瘤微环境研究的创新性的算法（形态增强型空间转录组分析集成器（METI）），非常值得学习。 目录 ...
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R语言||干货！tidyverse包-数据转换dplyr包进阶R-tidyverse包-数据转换dplyr包进阶 R语言||干货！tidyverse包-数据转换dplyr包进阶 目录 [TOC] 简介 Dplyr（https://dpl...
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综述||单细胞转录组和空间转录组顶级期刊最新综述单细胞转录组和空间转录组技术的火爆，推动了数据集的指数级增长，大型细胞图谱的构建，也正准备促进向精准医学的转变。在精准医学中，特定细胞和转录本的存在和比例将指导疾病分类、治疗...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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文献速递||cell2location软件联合单细胞转录组进行空间转录组细胞映射同名gzh：BBio //前言 对空间转录组的组织驻留细胞类型的复杂映射仍然是一个挑战。原因之一是器官间细胞的巨大多样性，包括无数细粒细胞类型，如免疫细胞、免疫细胞、基质细胞...
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10X单细胞空间联合分析之十一（CellTrek）hello，大家好，又是周一，新一周的开始，第一天分享一个简单的内容，就是一个新的单细胞空间分析的软件，CellTrek，这个软件最新的地方在于添加了细胞之间的共定位分析，文...
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R语言||rstatix包和ggpubr包复现标注统计检验显著性的各种花样的图形同名公主号：BBio rstatix包支持管道符，与tidyverse包设计理念相一致，用于执行基本的统计检验，包括t检验、Wilcoxon检验、ANOVA、Kruskal-...
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R语言||reshape2包在长宽数据格式转换中的用法
同名公主号：BBio reshape2包最常用的场景就是长数据和宽数据的转换，两个函数即可搞定。作者也是tidyverse的作者，Rstudio项目的首席科学家Hadley ...
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R语言||最丰富的数据清洗工具tidyverse包同名公主号：BBio tidyverse包实际上就是一些常用R包的集合，包括ggplot2（可视化）、dplyr（数据操作）、tidyr（数据）对齐、tibble（更现代的数...
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@NightWalker0815 +1相除不就是log后相减吗
单细胞转录组/AverageExpression平均表达是个啥
AverageExpression gzh：BBio Seurat中用于计算cluster基因平均表达值的函数，为啥这个结果和FindMarkers中差异倍数avg_logF...
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@Alisa_1855 是的
单细胞转录组/FindMarkers
FindMarkers gzh：BBio 对分群结果进行差异基因鉴定的函数，理想情况下，对于每群细胞来说，marker基因都位于上调基因的前列。 avg_logFC 结果中a...
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文献速递||空间转录组-时空组学联盟4篇Stereo-seq模式物种文章欢迎关注同名公主号：BBio 2020年《Nature Methods》杂志将空间转录组学评选为Method of the year，时至今日，空间转录组的应用已然如浪潮一般...
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PhenoGraph聚类算法
背景&思想 PhenoGraph算法的输入是一个N X D的矩阵， 把这个矩阵中的行划分到类别中，使得类别间的差异大于类别内的差异。 我们的假设是，这些类别代表具有生物学意义...
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分析流程||Seurat空间转录组分析流程欢迎关注同名公主号：BBio 流程包括单切片的基本分析、scRNA整合、多切片整合。 参考：https://satijalab.org/seurat/articles/spa...
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文献速递||肿瘤篇-通过多区域单细胞测序描绘肺腺癌的空间和细胞结构欢迎关注同名公主号：BBio //文献 2021年发表于Cancer Discovery，影响因子39.397，典型的几乎纯分析的单细胞转录组文章。 Resolving th...
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文献速递||R包DropletUtils-基于droplet的单细胞转录组数据cell calling方法欢迎关注同名公主号：BBio 10X也是基于此文献的，考古一下，学习区分空载和真实细胞大体思路。 当时已经存在的一些方法会假设含有细胞的GEMs会有更高的UMI总数，并以UM...
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分析思考||单细胞转录组中实验步骤对分析有哪些影响欢迎关注同名公主号：BBio 一个好的数据就该和10X官网中3k pbmc的数据一样，分析起来如此丝滑。技术缺陷和实验步骤究竟制造了哪些问题，而生信又该如何解决呢？在此从细胞...
