1. 什么是VCFCVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品...
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vcf文件说明 -
最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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如何用脚本来写脚本——Linux批量循环
以前在Linux写循环时都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的结构，这种方式写起来很简单，但是调试起来有...
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GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载一、GEO Datasets各种编号的意义 首先需要捋清楚GEO Datasets中的各种编号。 GPL，platform ID。记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...
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使用bcftools 将vcf文件拆分成单个vcf
使用bcftoolsquery -ltest.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 不使用软件： head -100 all.vcf |grep "#...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模拟/评估 SV、合并和比较样本内及样本间 SV 的工具集，其还可对SV进行重新格式化及进行统计总结，其他详细信息也可参考工具的wiki。 安装 ...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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Ubuntu下Aspera connect的安装与使用
本文来源 http://www.chenlianfu.com/?p=2319，稍有更改。Aspera connect是高效传输软件，可在 http://downloads.a...
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理解SAM文件格式以及过滤sam文件RNA-seq或者ChIP-seq等等测序的上游分析流程里的比对步骤相信大家都知道，我之前也只是按照各种教程去走流程，并没有仔细的研究过每一步的内容。今天这篇文章学习一下sa...
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GATK DepthOfCoverage 太慢DepthOfCoverage会输出7个文本结果。其中一个是按照interval上的每个碱基，输出一行统计信息，所以会比较慢： .DepthOfCoverage.txt结果 ...
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对bam按深度进行抽样
1. bam文件平均深度计算 2. 按照平均深度对bam文件进行向下抽样 这里需要主要 downsample_fraction如果是小于0.1，例如0.05，需要测试，看是否...
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文章复现-全外显子数据分析学习7-bam文件载入igv可视化what is bam bam（或者是sam，cram）文件，是比对后拿到的文件，sam文件是纯文本，非常占用存储空间，bam是sam的二进制格式，cram则是进一步压缩后的...
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GWAS | 3. 群体结构之PCA主成分分析前期准备 给标记加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈现，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各个SNP位点的ID。先看一下最开始生成的VCF文件： 可以看到，I...
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高通量测序中，read、contig和Scaffold分别是什么
1.什么是Reads? 高通量测序平台产生的序列就称为reads。 2.什么是Contig？ 拼接软件基于reads之间的overlap区，拼接获得的序列称为Contig（重...
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2022《Cell》 作物驯化与育种中的整合基因组学导读 野生植物被成功地驯化为农作物是人类文明的大事件。该过程的成功很大程度上要归功于持续的人工选择。本文总结了过去十年在作物驯化和育种研究中的新发现。作物基因组图谱的构建和众...
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群体遗传学基础知识
转载自：https://www.jianshu.com/p/7d4e4948b623 群体遗传学基础知识 群体（Polulation）：是指生活在一定空间范围内，能够相互交配...
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QMSim使用一、安装 将文件放入相应目录下，不能运行可以尝试chmod 750 文件名更改权限 二、配置文件 以生成一个约10kSNP，2000群体的基因型文件为例下面文件另存为“10k...
