1. 什么是VCFCVF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。做过DNA重测序，群体遗传进化，BSA，GWAS等项目的人都会遇到VCF文件，这个文件记录了所有样品...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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如何用脚本来写脚本——Linux批量循环
以前在Linux写循环时都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的结构，这种方式写起来很简单，但是调试起来有...
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GEO与SRA数据库|编号的对应与数据批量下载一、GEO Datasets各种编号的意义 首先需要捋清楚GEO Datasets中的各种编号。 GPL，platform ID。记录测序或芯片的平台，对于芯片平台，其包含基...
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绘制 SNP 密度图一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CMplot 要绘制 SNP 密度图，仅仅需要三列即可：a. 第...
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使用bcftools 将vcf文件拆分成单个vcf
使用bcftoolsquery -ltest.vcf > 453.list 将vcf文件中的样品名提取出来 不使用软件： head -100 all.vcf |grep "#...
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SV工具包SURVIVOR的使用
SURVIVOR 是一套用于模拟/评估 SV、合并和比较样本内及样本间 SV 的工具集，其还可对SV进行重新格式化及进行统计总结，其他详细信息也可参考工具的wiki。 安装 ...
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SV VCF格式的说明及转换不同的结构变异（structural variation，SV）鉴定工具鉴定出的VCF结果文件格式不尽相同，但也不是完全没有规律可循，主要的格式就有两种，分别是： BND n...
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Ubuntu下Aspera connect的安装与使用
本文来源 http://www.chenlianfu.com/?p=2319，稍有更改。Aspera connect是高效传输软件，可在 http://downloads.a...
