自从2009 年首篇关于scRNA-seq的文章发表以来，这项技术正在被广泛的采用。随着测序平台商业化的迅速发展和相关生物信息学方法的不断成熟，带来了很多生物医学领域新的发现...
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单细胞测序-如何选择适合的scRNA测序方法 -
列线图工具_Nomogram定义 列线图是一种相对传统的分析方法，用于展示自变量和因变量的线性关系，及其特征的重要程度。现在用SHAP，和机器学习库中的 Feature importance 工具可以实...
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8+SCI，机器学习+WGCNA+免疫浸润+分型+PCR验证，内容丰富，这种文章不接收，天理不容！
影响因子：8.786 研究概述： 阿尔茨海默病（AD）是一种严重的进行性神经退行性疾病，其特征是淀粉样蛋白-β（Abeta）斑块过度积累，神经功能障碍和认知障碍。本文采用ss...
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单细胞分析实录(16): 非负矩阵分解(NMF)检测细胞异质性相信做过肿瘤单细胞的小伙伴对这个分析并不陌生，如果多读几篇文献，就能在CNS以及大子刊上面看到这个分析。 非负矩阵分解(Nonnegative Matrix Factoriz...
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ColorCells：一个轻松完成单细胞lncRNA分析的数据库
scRNA-Seq技术揭示了不同细胞组间基因表达水平的显著差异。然而，大多数的研究集中在mRNAs的分析上，lncRNAs在单细胞中的表达和变异仍不清楚。 来自中山大学的研究...
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机器学习的常用算法（生信必备）作为一个合格的生物信息工程师，生物学的算法是必备的技能。本人从业不到一年，深感统计学知识匮乏，希望以简书作为自己的学习平台，和大家分享一些常用的算法，本人能力有限，只能介绍一...
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最新8+非肿瘤生信，单细胞+WGCNA+机器学习+pcr验证，可模仿！
影响因子：8.78 关于非肿瘤生信，我们也解读过很多，主要有以下类型 1 单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。2 单个疾病结合免疫浸润，铁死亡，自噬等基因集，机器学...
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初识WGCNA-基础知识基本概念 WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。 适用...
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T检验、F检验和卡方检验
T检验、F检验、卡方检验是统计学中常见的假设检验，今天记录下这几个假设检验的原理和应用场景。 检验方法应用场景T检验比较两个样本均值是否有差异F检验比较两个及两个以上样本均值...
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Read count、CPM、 RPKM、FPKM和TPM的区别1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一般而言，随着测序深度的增加，基因种类以及可变剪接体的数目也会...
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ATAC-Seq数据等测序方式是什么复制过来的，原文章链接等下复制一下 在基因组中，大部分的染色质紧密缠绕在细胞核内，不具有转录活性。染色质重塑作用可以使部分致密的染色质变得松散，这部分松散的染色质被称为开放染...
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单细胞ATAC亚群分析
上一期，跟大家简单介绍了下单细胞ATAC的背景知识点及其10x ATAC基础数据的获取方式[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA3MjM5N...
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欢迎关注我的个人公众号SimpleAI.<br>以后文章会在微信公众号上更新。
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【DL笔记6】从此明白了卷积神经网络（CNN）初识卷积神经网络（CNN） 从今天起，正式开始讲解卷积神经网络。这是一种曾经让我无论如何也无法弄明白的东西，主要是名字就太“高级”了，网上的各种各样的文章来介绍“什么是卷积”...
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使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析（一）：Analyzing PBMC scATAC-seq
Signac是Seurat的一个扩展功能R包，可以用来分析、解释和探索单细胞染色质数据集。目前，Signac包主要专注于分析单细胞ATAC-seq数据，之后还会添加其他基于染...
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使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第十一章)本文首发于我的个人博客， http://xuzhougeng.top/ 往期回顾: 使用ArchR分析单细胞ATAC-seq数据(第一章) 使用ArchR分析单细胞ATAC-...
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【转】单细胞 ATAC 测序分析：从数据预处理到假设生成Tips： 这一篇文章，类似单细胞RNA-seq 最佳实践教程，对每一步进行了具体介绍讨论。目前技术和分析方法都出现了好多，看一些综述有一个整体把握。Computationa...
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空间转录组+单细胞核+单细胞ATAC联合分析揭示人心肌梗死多组学图谱
英文题目：Spatial multi-omic map of human myocardial infarction发表时间：2020年12月 单细胞测序技术分辨率和检测通量...
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TCGA甲基化数据质量控制和差异分析（使用ChAMP包）参考文章：1.甲基化芯片入门学习-ChAMP包（二）2.TCGA数据库的癌症甲基化芯片数据重分析3.TCGA甲基化芯片数据质控和过滤4.甲基化芯片数据的差异分析5.甲基化芯片...
