整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCove...
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IP属地：上海
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使用deeptools将bam文件转换为bw文件 -
软件9 —— MACS2
一、 基本介绍 ※ 峰识别（peak calling）工具包括：MACS2和HOMER（适用于ChIP-seq和ATAC-seq）、HMMRATAC（针对于ATAC-seq...
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【单细胞】轨迹分析-slingshot轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...
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[富集分析] 3、clusterprofile富集分析--下游可视化1、富集分析的背景知识 - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/0b938d0e652c]2、clusterprofile富...
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AUCell：计算单细胞转录组的每个细胞中特定基因集的活性程度AUC允许在单细胞rna数据集中识别具有活性基因集（如gene signature,gene module）的细胞。AUCell使用曲线下面积来计算输入基因集的一个关键子集是...
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DoHeatmap的优化+ComplexHeatmap绘制带特定基因的单细胞热图单细胞绘图系列： Seurat绘图函数总结[https://www.jianshu.com/p/95e61f7e834d] 使用ggplot2优化Seurat绘图[https...
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GSEA富集分析+R分析+多类美化工具相关原理详细介绍生信技能树详解GSEA[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247507922&id...
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GATK4变异检测（bwa+samtools+Picard+GATK）一.软件下载安装 🔸bwa：https://github.com/lh3/bwa[https://github.com/lh3/bwa]安装及命令详解参考：http://st...
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Monocle3：拟时序分析写在前面：今天突然想写这个教程，花了一下午看资料，其实我前面是有一些基础的，但是看的还是会很乱，所以想把这个包的脉络写一下，希望能够可以跟大家讨论一下并且自己以后使用这个包的...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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单细胞数据分析笔记3: 双细胞去除（DoubletFinder, scDblFinder)双细胞是指由于实验原因，在单细胞微流控等流程中某个液滴中含有2个及以上的细胞，而在同一个液滴中的细胞在后续分析中带有相同的Cell Barcode，从而会被认为是一个细胞的伪...
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可视化神器ggstatsplot = 绘图+统计ggstatsplot是ggplot2包的扩展，主要用于绘制可发表的图片同时标注统计学分析结果，其统计学分析结果包含统计分析的详细信息，该包对于经常需要做统计分析的科研工作者...
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单细胞分析之细胞交互-3：CellChat常用的细胞通讯软件：CellphoneDB[https://www.jianshu.com/p/38a9376f5286]：是公开的人工校正的，储存受体、配体以及两种相互作用...
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RNA-seq入门实战（七）：GSEA——基因集富集分析本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENTREZID信息3.利用clusterProfiler进行GS...
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R-fgsea包GSEA分析及可视化GSEA：（Gene Set Enrichment Analysis）基因集富集分析 基因集富集分析（GSEA）和基因富集分析（GO/KEGG）的区别： 基因富集分析是对已注...
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免疫细胞注释-1：T细胞scRNAseq免疫细胞注释： 免疫细胞注释-1：T细胞[https://www.jianshu.com/p/0127c9b380c9] 免疫细胞注释-2：髓系细胞[http...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
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scRNA-seq拟时分析 || Monocle2 踩坑教程拟时（pseudotime）分析，又称细胞轨迹（cell trajectory）分析，通过拟时分析可以推断出发育过程细胞的分化轨迹或细胞亚型的演化过程，在发育相关研究中使用频...