目录： 1.Data Input 2. Calculating Genotype Probabilities 3.Performing a genome scan 4.Per...
IP属地：黑龙江
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R/qtl2：QTL 定位分析 -
比对结果统计：featureCounts安装下载软件 二进制版本的软件解压就可使用 解压后进入文件夹的bin 运行这个软件就是带上全部路径 运行后出现了帮助文档，就是代表安装成功可以使用 写入环境，直接调用 -----...
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(详细心得笔记)如何使用NCBI(DAVID)对大豆(Glycine max)基因进行GO和KEGG富集分析并绘制相应图片DAVID网址 https://david.ncifcrf.gov/home.jsp[https://david.ncifcrf.gov/home.jsp]绘图使用R语言(R...
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2020-07-02 WGCNA 练习WGCNA基本概念 加权基因共表达网络分析（WGCNA）是一种系统生物学方法，用于样品中基因之间的相关模式。WGCNA可用于查找高度相关的基因的簇（模块），使用module ...
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服务器配置WGCNA包
创建环境 安装R包和R语言中需要的包 安装WGCNA包 建议是一个操作创建一个环境，防止不同版本的语言环境冲突，这个WGCNA包目前就不能用R最新版本。欢迎交流~
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WGCNA（3）：基因模块与性状关联识别重要基因前面的文章中完成了数据导入和网络构建，下面是将基因模块与性状进行关联，从而识别与表型相关的重要基因。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
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WGCNA（2b）：分步法完成网络构建和模块检测在前两篇帖子中介绍了数据的导入清洗，以及一步法构建网络，这篇文章将介绍网络构建的第二种方法，分步法。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.co...
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WGCNA（2a）：一步法完成网络构建和模块检测
在上一篇帖子上完成了表达量数据和表型数据的整理，这篇文章将进行网络构建和模块检测。 WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jianshu.com)[https...
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WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗WGCNA：加权基因共表达网络分析，简而言之，就是将基因划分为若干个模块，探究与表型数据与基因模块之间的相关关系，并找到模块中的核心基因。 适用于复杂的数据模式，推荐5组(或...
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WGCNA（4）：通过WGCNA进行模块可视化在前面的帖子中介绍了数据的导入和清洗，网络构建的两种方法，模块与性状的关联，这篇文章将介绍如果进行模块可视化。WGCNA（1）：R包安装及数据导入清洗 - 简书 (jians...
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安装WGCNA的各种方法
相关网络在生物信息学应用中得到越来越多的应用。例如，加权基因共表达网络分析是一种用于描述芯片基因间表达相关模式系统生物学方法。加权相关网络分析(WGCNA)可用于寻找高度相关...
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烟草瞬时表达（亚细胞定位/BiFC）参考方法：https://www.bio-protocol.org/bio101/e1010133[https://www.bio-protocol.org/bio101/e...
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基于Roary构建泛基因组记录安装软件 创建环境 运行 NCBI下载{genome}.gbff格式的测试数据 gbff转gff格式 生成泛基因组 DeBUG !!!运行中如果有关于Perl脚本的报错，例如...
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基于liftoff进行基因组注释操作记录
步骤 安装 执行代码 代码参数 -g 参考基因组的注释文件 -o 想要注释的基因组输出的注释文件 -p 线程数 -u 未匹配到的基因日志文件 命令最后两个 target 需要...
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「基因组」基因组共线性之Mummer1. Mummer详细介绍转至参考: https://www.jianshu.com/p/2e184e5c15b7[https://www.jianshu.com/p/2e1...
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『比较基因组学』TBtools 30秒解决基因组共线性。直接给我惊呆了，从点开开始到出结果一共32秒ಥ_ಥ，想当年光blastp就得跑大半天，更不要说编译MCScanX，各种奇葩问题... 先看下什么是共线性： Syntenic*...
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