@生信Atom 抱歉，是我的疏忽。
10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果1. 写在前面 因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。 又因为7月在珠海跑过一次基于Seurat v2的单细胞转录组下游流程，所...
发简信
IP属地：天津
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@生信真的好难噢 嗯嗯，一起加油！
10X单细胞转录组下游流程-1-整合多个cellranger结果
1. 写在前面 因为后续的课题以及下一次的JC都准备做单细胞的，所以开始学习单细胞转录组的下游分析。 又因为7月在珠海跑过一次基于Seurat v2的单细胞转录组下游流程，所...
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DoubletFinder 去除双细胞
1. 参考资料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.jianshu.com/p/66e...
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ATAC-seq 质控1. 写在前面 1 年前看技能树在简书的文字教程第一次跑 ATAC-seq 分析流程，当时还很懵懂，以为每一步只有一个工具，现在通过技能树刚发在 b 站的视频再次学习 ATA...
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单细胞数据挖掘3-clustering1. 写在前面 参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, variance stabil...
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技能树直播课程学习-WGCNA-3-模块与临床性状关联1. 计算 ME 值 2. 计算模块与性状的相关性并可视化 3. 计算各基因表达量与模块 ME 和性状的关系（MM and GS）并可视化 GS: as(the absolu...
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单细胞数据挖掘2-QC1. 写在前面 参考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建环境 在 Rproj 的位置创建 data 文件夹 在 ...
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技能树直播课程学习-WGCNA-2-网络构建和模块检测1. 挑选软阈值 软阈值的要求：无尺度拓扑网络系数 R^2 高于 0.85，或者或平均连接度降到 100 以下 如果没有合适的阈值，可以使用 R 包作者提供的经验阈值，如下 ...
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技能树直播课程学习-WGCNA-1-数据清洗1. 层次聚类 在读入表达矩阵，进行基础的筛选，并使用 goodSamplesGenes() 确保没有太多的缺失值后，我们对样本进行聚类，以剔除离群样本 可以看到这次的 31...
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技能树直播课程学习-WGCNA-0-基础知识
1. 基本步骤 数据输入和清洗 网络构建和模块检测 量化模块和样本性状的关系 挑出感兴趣模块内部的基因 可视化TOM矩阵 将网络导出到外部数据进行可视化 2. 加权共表达网络...
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单细胞数据挖掘1-bam-fastq-matrix
1. 写在前面 数据集介绍测了 LK 和 LSK 细胞的 scRNA-seq，但是作者定义 LK 的方法比较奇怪，之后会把“LK”中 sca-1 阳性的细胞去掉 由于作者只提...
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PNAS Fig.1的复现（续）
1. 写在前面 参考的技能树视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411X7Zx?t=2&p=22 视频用到的文章的部分图表是我之...
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TCGA知识图谱视频学习笔记2
视频链接：http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 参考笔记：https://www.jianshu.com/u/c93a...
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too-many-cells 学习笔记1. TooManyCells 简介 TooManyCells 是由宾夕法尼亚大学的 Gregory W. Schwartz 等人开发的一种聚类算法，开发的本意是用于 scR...
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TCGA知识图谱视频学习笔记1视频链接：http://jm.grazy.cn/?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg 参考笔记：https://www.jianshu.com/u/c93a...
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B站TCGA视频学习笔记B 站视频链接：https://www.bilibili.com/video/av49363776 1. 概述 和 TCGA 紧密相关的数据库GTEx：正常人对照CCLE：肿...
