最近不常登陆简书，若评论问题没有及时回复，可以发邮件交流 bioinfortime@163.com
发简信
IP属地：北京
-
盘点宏转录组分析方法
导读 1. 宏转录组概念： 宏转录组测序是对某一特定时期、特定环境样品中的全部微生物的RNA进行高通量测序，直接获得该环境中所有微生物转录组信息的一种测序技术的新应用。宏转录...
-
这个sortmeRNA不好用，按着步骤走 总是出现各种问题
sortmerna 去除rRNA
sortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以下简单介绍它的安装与基本使用方...
-
sortmerna 去除rRNAsortmerna是一款检测文库中rRNA含量，并去除rRNA reads的软件。当怀疑文库中包含的rRNA比例较高时，这款软件可以派上用场。以下简单介绍它的安装与基本使用方...
-
写的真详细
KneadData质控、SortMeRNA去rRNA
导读 宏转录组数据分析第一步。 一、KneadData下载、安装、质控 链接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
-
KneadData质控、SortMeRNA去rRNA
导读 宏转录组数据分析第一步。 一、KneadData下载、安装、质控 链接：https://bitbucket.org/biobakery/kneaddata/wiki/H...
-
QIIME2 构建数据库以及常规分析流程
保存一下，这是一个扩增子分析流程，有参考文献，步骤还行。https://wanjinhu.github.io/2023/10/27/pipeline-qiime2-analy...
-
初学者学习宏基因组教程
看到一篇写的还是不错的流程，保存一下，供参考。作者是胡万金https://wanjinhu.github.io/2024/02/18/article-metagenomic/...
-
学习R语言绘图，一个网站就够了
很多人想学习R语言绘图，最好的办法就是多进行操作，这里有一个非常好的网站，里面汇集了大量R语言的绘图代码，只需将这些代码复制下来多去操作就会有很好的收获。r-graph-ga...
-
群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
-
iTOL进化树调图细节记录iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结[https://www.jianshu.com/p/20af7e003d19]。最近重用，调图时又发现了...
-
Conterminator--检测核苷酸和蛋白质序列组中的污染
更新: 最近有看到新的软件可以检测高通量序列的污染情况---fastq_screen(https://github.com/StevenWingett/FastQ-Scree...
-
请教毛毛，这个做完后能用什么图展示那？或者说怎么做进一步的分析？
基于blast进行GO功能注释
目前GO注释主要分为两种方法，其一，序列相似性即blast，其二，结构域相似性比对（InterProsScan），该方法在前面也提及过，本文就blast进行简要概述 所需文件...
-
自建go和kegg数据库2022-08-03
小众或非模式生物的自建库GO/KEGG富集分析https://zhuanlan.zhihu.com/p/389005258[https://zhuanlan.zhihu.co...
-
扩增子随机森林图 2022-07-27
R语言randomForest包的随机森林分类模型以及对重要变量的选择 https://cloud.tencent.com/developer/article/1870681...
-
各种venn韦恩图 绘制
最近看venn绘制，有多个元素，看到一篇文章，讲的非常清楚，不同R包，元素 个数超过限定值如何处理等等，做个分享也留个记录。题目是绘制韦恩图（Venn plot）和花瓣图（F...
-
Blast++与Diamond区别之一 qcovs
名词解释：High Scoring Pairs (HSP) 参考自：BLAST中，与HSP和query_coverage(qcov)相关的关键参数[http://blog.s...
