转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...
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GATK4.0-vqsr
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GATK4+mutect2 call somatic mutation
最近看了GATK的网站，以前经常用GATK call somatic mutation， 但是用的版本太老了，另外服务器最近换了盘，很多代码路径都变了，网上关于GATK4的教...
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最全bcftools使用说明--只看本文就够了1 简介 BCFtools 是一款多种实用工具的集合，它可以用于处理VCF文件和二进制的BCF文件。它可以接受VCF格式、压缩的VCF格式以及BCF格式，并能自动检测输入的格...
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DNA甲基化数据分析全流程
2021-01-01 更新 简单记录一下平时的分析过程 和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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染色体位置如何注释到基因名1. 环境准备 pythongff3文件：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html[https://www.gen...
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【比较基因组】基因家族扩张与收缩---CAFE篇====环境和测试数据准备===== 需要先安装OrthoFinder，这个参考前面一个帖子。然后今天我们主要来测试CAFE。 安装也比较简单： 下载安装包之后 https:...
