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单细胞数据处理小细节汇总1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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10X单细胞（10X空间转录组）基因集打分方法汇总
hello，大家好，今天周一，做一个简单的汇总，主要针对基因集打分，无论是单细胞还是空间，基因集打分都很普遍，方法也很多，我们来总结一下。 研究背景 在单细胞转录组测序中，整...
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R语言多因素cox回归构建预测模型杀杀 （第一步不作赘述，一般会使用单因素cox或者寻找差异基因等方法，筛选与生存相关的分子，准备进行下一步的模型构建） 本篇举例是筛选了12个单因素cox与生存显著相关的分子...
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单细胞细胞比例分析方法列举1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...
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TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估生存模型的构建方法包括：1. Lasso回归；2. Cox多因素回归；3. 随机森林；4. 支持向量机 可以把log_rank_test或cox筛选出的基因单独做模型构建，也...
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使用randomForest包进行随机森林分析1. 简介 随机森林是机器学习中的一种分类算法，这个算法在之前分享的TCGA生存模型的构建以及模型预测和评估[https://www.jianshu.com/p/334254...
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R语言KEGG通路信息下不下来怎么办
杀杀报错信息：Error in download.KEGG.Path(species): 'species' should be one of organisms l 再运行...
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ggplot2自定义函数方法
ggplot2自定义函数方法 前言：（百年更新，太懒了实在）最近写R包和平常使用的时候，有的时候想快速画一个自己定义好的图，每一次都要一长串代码，有点不是很方便，于是想编写一...
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服务器Jupyter Notebook和Samba的安装及部署——by不是杀杀Samba是在Linux和UNIX系统上实现SMB协议的一个免费软件，由服务器及客户端程序构成（来自百度百科），简单来说它可以实现服务器端（Linux）与Wi...
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R语言拼图（含生存分析），R语言画布设置杀杀 发一些拼图的小技巧 拼图之前，先要根据自己图片的张数，设置好画布大小，这很重要我画图的经验中，正常一张方形的图会设置为width和height都等于5，如果两张横着拼在...
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生存分析图最近我发现可以用patchwork来拼。 a$plot + b$plot。这样子就可以了，因为plot是ggplot格式，取出来就可以拼。
R语言拼图（含生存分析），R语言画布设置
杀杀 发一些拼图的小技巧 拼图之前，先要根据自己图片的张数，设置好画布大小，这很重要我画图的经验中，正常一张方形的图会设置为width和height都等于5，如果两张横着拼在...
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KEGG通路数据库下载(人种)
方法一在MSigDB下载，网址GSEA | MSigDB | MSigDB Collections。下载到 gmt 格式文件使用 GSEABase 包的 getGmt 函数读...
