代码如下： 实例： 输出：
发简信
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Python 脚本之统计基因组文件中染色体长度及N碱基数目
模块介绍 re模块 re模块是Python中的正则表达式调用模块，在python中，通过将正则表达式内嵌集成re模块，程序员们可以直接调用来实现正则匹配。 正则表达式是对字符...
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interproscan 安装及运行错误调试
interproscan interproscan 是个基因注释工具，可以一次运行实现多个数据库的注释。用户既可以提交蛋白序列也可以提交核酸序列，还可以对输出格式进行设置。 ...
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Linux中的生信软件管理器-Bioconda
写在前面 生物信息操作中必不可少的就是各种软件的安装，不同于我们习以为常的Windows操作系统下软件的安装，Linux下软件的安装通常涉及源码的编译和二进制文件的下载，不同...
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使用clusterProfiler包对非模式生物进行GO和KEGG的富集分析
clusterProfiler包是Y叔开发的一个强大的能进行多种功能富集的R包，对于有OrgDb或AnnotationHub中收录的物种进行GO和KEGG的富集分析非常的方便...
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cufflinks使用-2 (2018-05-29)
更多请了解Cufflinks: http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/ Cufflinks 利用Tophat比对的结果（a...
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RNA-seq：转录组数据分析处理（上）（2019/05/07更新）
superqun原创 一、流程概括 RNA-seq的原始数据（raw data）的质量评估 linux环境和R语言环境 raw data的过滤和清除不可信数据（clean r...
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RNA-seq基因可变剪切分析
###因为gtf和fastq的对应关系，从igenome上打包下载所有hg19的信息## 1. tophat2比对 tophat2 -p 15 -G ../reference...
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shell脚本编程之条件判断式(一)
前言 只要讲到程序的话，那么条件判断式，即是if-then这种判别式肯定一定要学习。因为很多时候，我们都必须依据某些数据来判断程序该如何进行。 if-then语句 最基本的条...
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Linux之shell脚本编程
前言 本文部分内容摘自《Linux命令行与shell脚本编程大全》第11章笔记及构建shell脚本一文就够，仅为学习使用。 内容 使用多个命令 创建脚本文件 显示消息 使用变...
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RNA-seq练习 第二部分（基因组序列下载，注释文件下载，索引下载，比对，比对质控,HTseq-count计数，输出count矩阵文件）参考基因组下载有三大全文网站提供参考基因组下载，它们分别是：1.NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc）2.UCSC (http://h...
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R学习笔记（二）- 数据结构
前言 学习数据结构是了解一门编程语言的基础，以此你可以了解数据是如何被存储、管理以及分析的。R语言作为一门统计分析语言，具有丰富的数据结构，熟悉这些数据结构将十分有助于了解R...
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R学习笔记（一） - R的简介及安装
前言 R语言系统学习第一天 为什么要学R？ 生命科学领域高通量测序价格下降和数据量快速增加导致的数据摩尔定律 如何去分析高通量的数据 高效准确地提取并精炼出自己所需要的数据和...
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本地Blast的安装与使用
写在前面 这一篇教程写于很久之前，那时候才刚开始学着记录下自己的学习过程，今天将其正式贴出来，供自己也供读者参考。 Blast的安装 说明：BLAST工具是由NCBI所提供。...
