1：前言介绍 quanTIseq**是一个计算管道，用于从人类 RNA测序数据中量化肿瘤免疫背景。quanTIseq 将来自肿瘤样本或其他细胞混合物的 RNA-seq 读取的...
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quanTIseq分析
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微卫星不稳定性（MSI）、错配修复（MMR）和肿瘤突变负荷（TMB
1. 胚系突变 胚系突变（Germline Mutation）是指在人的胚胎发育期已经携带的变异（几乎全部遗传自父母），存在于生殖细胞内具有遗传性，构成人与人的遗传多样性。 ...
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fastp常用参数说明
1. fastp 简介 fastp是用于处理fastq文件，基于C++，支持多线程，包含[fastQC]和Trimmomatic的一些功能。这里主要给出常用参数的一些说明。 ...
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rsync 使用方式
一、简介rsync 是一个常用的 Linux 应用程序，用于文件同步。 它可以在本地计算机与远程计算机之间，或者两个本地目录之间同步文件（但不支持两台远程计算机之间的同步）。...
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2023-07-31
FastQC使用与结果解读1.1 FastQC 使用参数指令：fastqc -f inputfile -o outputfile-o 结果文件输出路径，需要自己事先建立好文件...
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全外显子测序（WES）分析流程
全外显子测序（WES）分析流程 构建数据文件夹 创建一个WES项目的日期目录和存放每个步骤生成文件的子目录raw, clean, align, genome 此流程包含两个r...
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生物信息学：第一章：历史简介和概论
第一章：历史简介和概论 1. 前言导论 1.1 生物信息学的概念 1.1.1 生物信息学是一门收集、分析遗传数据以及分发给研究机构的新学科。 1.1.2 生物信息学特指数据库...
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生信 | ATAC-Seq基础分析+高级分析+多组学分析写在前面 其实很多作者已经探索的差不多了，相关脚本、教程也很多，但我还是自己系统的总结一下吧。有时候感觉是浪费时间，但是在写的时候能发现并学习到很多新的知识，不断记录反思，也...
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@超人立志做国王 能给我完善下吗？
KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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@1b65993b33a2 这个有用吗？
KEGG pathway 注释整理
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个软件(或数据库)，可以获得KEGG ORTHOLOGY(KO...
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R语言pheatmap热图色条控制小技巧本期介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。 使用的是R语言的pheatmap包，先生成随机数据： data1如下： 查看数据范围： 使用上面的矩阵做热图，要求低值...
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测序了，然后呢（四）有了OrgDb才能进行富集分析刘小泽写于19.1.20-21要进行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每个基因对应什么样的GO/KEGG分类，OrgDb就是存储不同数据库基因ID之间对应关系，以及基因与G...
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fasta文件与fastq文件相互转化
fastq转化为fasta 一般应该是由fastq转化为fasta(给出四种): fasta改为fastq fasta文件缺失信息，假设quality score of 40...
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单细胞测序（scRNA-seq）通关||数据处理必知必会单细胞转录组数据分析系列教程 sc-RAN-seq 数据分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[https://www.jians...
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R数据可视化7:气泡图 Bubble Plot“气泡图”这个名字听着就很可爱是不是！今天让我们来看看这个气泡图长什么样，可以展示什么样的数据，以及如何用R作图。 什么是气泡图 气泡图（Bubble Plot）就是由一个个...
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遗传分化指数(Fst)的计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（FIS，FIF，FST）。Fst...
