Burden 分析，是基于基因的关联分析方法中的一种，应该与基于位点的关联分析（GWAS），起到相辅相成，互相补充的作用。 传统GWAS分析，主要是利用大样本量，寻找病例对照...
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基于基因的关联分析的简单背景说明
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WGS全基因组分析||VCFTOOLS使用
写在前面：当学习某一重要文件格式时，更需要对此格式对应软件工具进行全面的学习（如sam/bam——samtools）。在多次花时间写脚本处理文件之后发现，80%左右的任务其实...
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利用plink对snp质控的指标和基本流程
在拿到一组snp数据时，首先应该想到要对snp数据的质量进行检测和控制。然后再考虑这组数据该怎么分析，如何分析。snp的质控是非常重要的，如果snp数据的质量不佳，那么计算的...
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变异位点的归一化(normalization of indel)
一、定义二、indel的左对齐三、多等位位点的左对齐 定义 在二代测序中，使用bcftools call或者 gatk HaplotypeCaller工具检出变异位点的时候，...
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pi, Fst, dxy, fd的计算
有许多不同的统计量可以衡量差异选择的区域或基因渗入障碍的区域。这里介绍常用的四个统计量的计算： pi, 衡量遗传多样性 Fst, 衡量群体分化程度 dxy, 对核苷酸多样性绝...
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【数据库-7】ExAC数据库
欢迎关注公众号oddxix 如果觉得写的不错记得点个赞，谢谢支持~ 1.简介 官网：http://exac.broadinstitute.orgExAC数据库的全称是（the...
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AnnotSV输出结果列名
AnnotSV地址：https://lbgi.fr/AnnotSV/[https://lbgi.fr/AnnotSV/]版本：3.0.5 AnnotSV输出结果部分列名解释 ...
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遗传统计|MSMC推断群体历史动态Multiple Sequentially Markovian Coalescent (MSMC)是一种利用马尔可夫模型推断群体动态历史和群体结构的算法。能够通过输入基因组序...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
