1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...
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Kaplan-Meier生存分析的结果解读和绘制方法 -
实战之 mutect2检测somatic变异流程1 用途 mutect2是GATK（The Genome Analysis Toolkit，是BroadInstitute开发的用于二代重测序数据分析的一款软件，里面包含了很...
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多个10x单细胞对象的合并和批次校正--seurat锚点整合+Harmony练习数据集的GEO编号：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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生信 | 三维基因组技术（二）：Hi-C辅助组装与Lachesis的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C 辅助组装（PGA...
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3D基因组—实验技术
一、3D基因组之ChIP-seq 基因组的三维立体结构的主要组成是DNA和蛋白质。研究基因组的三维立体结构就是研究DNA与蛋白之间的互作。ChIP一直是研究蛋白与DNA互作的...
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走向基因组3D世界 ——染色体构想捕获技术3C(chromosome conformation capture)
在过去10年中，染色体构象捕获（chromosome conformation capture 3C）技术及其该技术的拓展技术(4C,5C,Hi-C,ChIA-PET)，使人...
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R-Markdown学习与使用简介 markdown是一种纯文本格式的标记语言，只需要简单的标记语言就可将文本格式的内容具有一定的格式。核心是将文字与排版分开，从而将注意力集中于文字本身。但其本质，M...
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R markdown 学习笔记## Markdown语法 -标题 一个#是一级标题，二个#是二级标题，以此类推。支持六级标题。 # 这是一级标题 ## 这是二级标题 ### 这是三级标题 ...
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植物RNA-seq (Salmon)从软件安装到下游分析(纯Mac) 4.8更完写在前面： 整个流程是首次从软件安装-数据下载-上游分析-下游分析。代码没毛病，奇怪的是salmon比对后，mapping～15%（不正常），一般来说期望mapping应该是...
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R语言的tximport包导入salmon软件的转录本定量结果并做差异表达分析salmon做完定量后输出结果如下 我把quants这个文件夹放到R语言的工作目录下首先是获得所有quant.sf文件的路径 给数据添加个名称 导入数据 分组数据 差异表达分...
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R语言进行PCoA分析
#PCoA 分析在R语言中进行主要依赖于以下得包，进行这个分析得主要可以应用于形态学数据得相似与差异性分析。 library(ade4) library(ggplot2) l...
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DALS021-MDS与PCA
title: DALS021-MDS与PCAdate: 2019-08-21 12:0:00type: "tags"tags: MDS PCAcategories: Data...
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获取基因有效长度的N种方法在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后续的展示或分析，其定义和计算公式在我之前的文章中有所总结Co...
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RNA-seq入门实战（三）：从featureCounts与Salmon输出文件获取counts矩阵本节概览：从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵:读取counts.txt构建counts矩阵；样品的重命名和分组；counts与TPM转换；基因...
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二、UCSC Xena数据库下载表达数据Ensemble_ID转换为Gene并整理数据
1、安装并加载部分R包 2、设置工作路径 3、导入表达谱数据 4、去除Ensembl_ID小数点后面的数字 5、下载Homo_sapiens.GRCh38.99.chr.gt...
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34统计基础- 分位数标准化(Quantile Normalization)假设我们有一些来自微阵列实验的数据 如果你不熟悉微阵列，这里有解释: 微阵列测量样本中基因的活性。 他们通过测量不同颜色的光的强度来做到这一点。 如果你在一个实验中有一个更好...
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