Lee小余

一、简介 会得到一系列变异数据，这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变，至于这个改变会不会影响生物学功能，我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数...

Lee小余

您好老师，请问miRNA过滤的时候，只需要去除3'的接头吗（-a AGATCGGAAGAG）？还需不需要去除5‘的呢？谢谢！我是单端测序数据。

miRNA-seq分析流程-----转载

miRNA-seq分析流程 转载2016-11-28 16:29:44 miRNA是生物中非常重要的一类非编码小RNA，其在生物体的调控中具有非常重要的作用，在人中大约三分之...

酷睿_1991

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Lee小余

您好，请问“遗传距离(可简单的物理距离/100000000)”这样最终的结果准确吗？是否有计算遗传距离的方法呢？谢谢！

XP-CLR选择信号

检测基因组选择信号的方法有很多种，其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发...

斩毛毛

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Lee小余

您好 请问解决了吗 我也很困惑

群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法

01-Definition Genetic Distance Genetic distance is the degree of genetic difference (ge...

PETJO

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Lee小余 ·

请问SNP数据怎么计算其遗传距离呢，如Nei,Roger等

木䬕 评论自群体遗传学之个体间遗传距离及其计算方法

Lee小余

@6e37a5161fc5 你可以试试用你所研究的物种已发表过的注释文件

关于stringtie定量基因的时候，最后输出很多MSTRG样式的geneid

相信大家在用hisat2-stringtie-DESeq2这一套流程做差异表达基因分析的时候的时候，最后会输出很多带MSTRG字样的geneid。 我一开始搜索这个问题，...

Caspare

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Lee小余

请问SSH检查，防火墙设置是在自己的win主机上做的吗？

远程连接虚拟机中ubuntu报错：Network error：Connection refused

远程连接虚拟机中ubuntu报错：Network error：Connection refused 检测本机与主机连通性 说明主机是没问题的； ssh检查 结果显示ssh没有...

JeremyL

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Lee小余

之前一直在画图，但是没有系统的整理过。今天梳理了一遍，更加清晰一些。 完事儿！export保存。

Lee小余

您好，安装cnvnator的时候，是不是还需要make一下

CNVnator安装使用说明

最近在做WES数据分析，后期需要检测样本CNV的结果，于是看到cnvnator这个软件，导致我未来的一周在坑中度过，翻看别人写的博文，不懂（什么啊一个都走不通）--不断尝试-...

DerekZhou

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Lee小余

tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...

Lee小余

大佬您好，请问exonic_variant_function文件中只有SNV变异吗？那SNP的同义和非同义突变在哪里看呢？谢谢！

ANNOVAR | 注释

标签（空格分隔）： annovar 注释 [TOC] 介绍 参考链接 http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/用于对S...

fatlady

23413 6 15

Lee小余

您好大佬，请问blup值为什么还要加上blp@beta？实在是不太理解。我看到文献中的blup值只是blups$lines这一部分。谢谢！

GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算

表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...

caumine

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Lee小余

请问过滤indel的时候,如果只想要小于50bp长度的indels怎么操作呢?谢谢!

GATK4.0-vqsr

转载GATK4.0和全基因组数据分析实践（下） 原创：矿工碱基矿工2018-03-23 前言 在上一篇文章中我已经用例子仔细跟大家分享了WGS从原始数据到变异数据（Fastq...

耕读者

4662 1 11

Lee小余

往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质...