一、简介 会得到一系列变异数据，这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变，至于这个改变会不会影响生物学功能，我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数...
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ANNOVAR | 变异注释【上】
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CNVnator安装使用说明最近在做WES数据分析，后期需要检测样本CNV的结果，于是看到cnvnator这个软件，导致我未来的一周在坑中度过，翻看别人写的博文，不懂（什么啊一个都走不通）--不断尝试-...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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GWAS分析-说人话（20）-单倍体关联分析前言 来到这里，已经渐渐不是人话了... 估计这辈子我也没有想到，我把我最厌恶的东西写出来， 居然是最多人看的...... 分析方法很多，这一小节吐槽官网的这一行代码，大神请...
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GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算表型分析之最优无偏预测 最佳线性无偏预测（Best Linear Unbiased Prediction，简称BLUP）可以对多环境数据进行整合，去除环境效应，得到个体稳定遗...
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「群体遗传学实战」第三课: 如何对SNP位点进行过滤
往期教程 「群体遗传学实战」第一课: 对SNP位点进行注释 「群体遗传学实战」第二课: 画出和文章几乎一样的PCA图 SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况，一种是仅根据位点质...
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2018-10-25 GWAS实战（一） qqman绘制曼哈顿图作为一个统计遗传学实验室里的学生，怎么可以不会GWAS分析，虽然学的是生物信息学，但是每天听师兄师姐在那里讨论这个模型，那个矩阵啥的，多多少少有点印象，虽然不会推导公式吧，用...
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GWAS 总体流程理解版
自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操 一. 相关概念理解 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择...
