西北农林科技大学食品研究生
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如何理解GWAS中Manhattan plot和QQ plot所传递的信息在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因型和身高）显著相关的基因位点清晰地展现出来，不少读者朋友应该...
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GWAS理论 1-1 全基因组关联分析基本概念和材料选择先把GWAS系列课程看一遍，后面再把不懂的东西再补充上来 一、概念和理论基础 全基因组关联分析定义 是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进...
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利用plink对snp质控的指标和基本流程
在拿到一组snp数据时，首先应该想到要对snp数据的质量进行检测和控制。然后再考虑这组数据该怎么分析，如何分析。snp的质控是非常重要的，如果snp数据的质量不佳，那么计算的...
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GWAS学习笔记（2）-GWAS分析具体流程y一、认识文件名 五大格式文件：ped&mapbed&fam&bim 各自存储何种数据 五种格式 ①ped（pedigree，家系）：包含样本的谱系信息和基因型信息，必须与f...
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四. 基因组数据可视化(BWA, Minimap2, samtools and IGV)一. 简介 在基因组数据分析过程中，我们可以将fastq，fasta，ONT等不同格式的数据mapping到参考基因组上，然后通过IGV进行可视化，结合GFF3文件手工对感兴...
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「摸鱼快报001」可能是迄今最全的三代测序数据分析工具收录大全不废话直接上干货：https://long-read-tools.org/到目前2020年2月13日为止这个网站收集整理了354种用于分析长度长数据的工具，可以根据自己的需求...
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基因组学——(一)简介大家好！我是Honglei，欢迎大家来到基因组学专栏！ 今天我们将对基因组学进行介绍。 什么是基因组学? 基因组学(Geonomics)是一门研究基因组(Genome)的科学...
